Биоинформатический анализ генома производственного штамма Lactobacillus fermentum 90 ТС-4

Аннотация:

Штамм Lactobacillus fermentum 90 ТС-4 в настоящее время широко используется для производства пробиотиков, биологически активных добавок к пище и продуктов питания. Это обусловливает актуальность исследования штамма с использованием современных молекулярно-генетических методов. Материал и методы. Биохимические свойства штамма исследовали с использованием тест-системы API 50CHL («Bio-Merieux», Франция), секвенирование генома выполняли на платформе MiSeq («lllumina»), сборку генома de novo осуществляли при помощи программ Spades, MIRA 4.0, Newbler 2.6. Аннотацию генома проводили с помощью утилиты Prokka v. 1.11., геномных серверов RAST и BASys. Результаты. Установлены основные характеристики генома L. fermentum 90 ТС-4, подтверждено отсутствие в геноме детерминант антибиотикорезистентности, патогенности и вирулентности. Показано, что низкая сахаролитическая способность штамма связана с отсутствием соответствующих транспортных систем — специфичной для сахарозы фосфоенолпируватной системы PTS_ScrA и специфичной для рибозы пермеазы RbsD, а также ряда ферментов. Проанализирован CRISPR-Cas локус штамма, выявлены уникальные спейсеры, перспективные для штаммовой индикации, изучены молекулярные механизмы антибиотикорезистентности штамма. С использованием схемы MLST, представленной в научной литературе, определены аллельные профили генов «домашнего хозяйства», установлено, что полученный для штамма L. fermentum 90 ТС-4 аллельный профиль не соответствует ни одному из описанных ранее сиквенс-типов. Обсуждение. Поскольку L. fermentum 90 ТС-4 не несет детерминант антибиотикорезистентности, патогенности, вирулентности и интегрированных плазмид, штамм не представляет опасности в плане распространения указанных детерминант и может использоваться как пробиотический штамм-продуцент. Обнаруженные особенности CRISPR-локуса и аллельного профиля могут в дальнейшем использоваться для индикации штамма.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2019
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2019.-N 3.-С.128-133. Библ. 24 назв.
Просмотров: 34