ЗНАЧИМОСТЬ ВЫЯВЛЕНИЯ ЗАКОНОМЕРНОСТЕЙ ИЗМЕНЧИВОСТИ ГЕНОМА ВИЧ-1 В СИСТЕМЕ ЭПИДЕМИОЛОГИЧЕСКОГО НАДЗОРА ЗА ВИЧ-ИНФЕКЦИЕЙ (НА ПРИМЕРЕ РЯДА ТЕРРИТОРИЙ ДАЛЬНЕВОСТОЧНОГО ФЕДЕРАЛЬНОГО ОКРУГА)

Аннотация:

ВИЧ-инфекция является одной из значимых проблем здравоохранения во всем мире. В Дальневосточном федеральном округе (ДФО), как и в целом по России, с каждым годом продолжает увеличиваться число лиц, инфицированных ВИЧ. На 01.01.2019 г. кумулятивное количество зарегистрированных лиц с ВИЧ-инфекцией составило 27327 чел., из них в 2018 г. выявлено 2392 новых случая. Темп прироста новых случаев в ДФО -3,3%. Пораженность ВИЧ-инфекцией в ДФО составила 312,11 на 100 тыс. населения (в 2017 г. -287,6). В настоящее время проведение молекулярно-эпидемиологического мониторинга, включающего как слежение за формированием и циркуляцией резистентных форм ВИЧ, так и анализ территории альной специфики распространения различных генетических вариантов вируса (в том числе новых рекомбинантных форм) в конкретных очагах, группах риска и т.д., является важной составной частью системы эпидемиологического надзора за распространением ВИЧ-инфекции. Цель исследования - на основании изучения нуклеотидных последовательностей фрагментов гена pol провести анализ распространенности генетических вариантов ВИЧ-1 среди ВИЧ- инфицированных пациентов, проживающих на территориях ДФО. Молекулярно-генетическим анализом охвачено 211 образцов плазмы крови от ВИЧ-инфицированных пациентов, проживающих на территории ДФО, в том числе в Хабаровском крае - 53; (2-5,1 %), Еврейской автономной области (ЕАО) - 56 (26,5 %), Республике Саха (Якутия) - 35 (16,6 %), Магаданской области - 14 (6,6 %), Амурской области - 11 (5,2 %), Сахалинской области - 38 (18,0 %) и Чукотском автономном округе (ЧАО) - 4 (2,0 %) образца. Средний возраст пациентов составил 39±3,8 лет. Среди обследованных было 126 мужчин (59,7 %) и 85 женщин (40,3 %). Нуклеотидные последовательности генома ВИЧ-1 выявляли методом секвенирования амплифицированных фрагментов гена pol, кодирующего протеазу и часть обратной транскриптазы ВИЧ-1, с использованием тест-системы «АмплиСенс® HIV-Resist-Seq» (производства ФБУН «Центральный НИИ эпидемиоло-i гии» Роспотребнадзора), согласно инструкции производителя. Секвенирование очищенных фрагментов проводилось с помощью генетического анализатора Applied Biosystems 3500 Genetic Analyzer (Life Technologies, США). Оценку подтиповой принадлежности проводили с применением специализированных онлайн-программ REGA HIV-1 Subtyping Tool (версия 3) (http://hivdb.stan-ford.edu) и COMET HIV-1/2 (). Филогенетический анализ выполняли с помощью программы MEGA (v. 6.0) путем построения филогенетических деревьев методом ближайших соседей. Для оценки достоверности филогенетических связей использовали бутстрэп (bootstrap) анализ для 500 независимых построений каждого филогенетического древа. Проведенное молекулярно-генетическое исследование показало, что на большинстве изученных территорий ДФО, как и в целом по России, развитие эпидемического процесса ВИЧ-инфекции обусловлено доминированием среди ВИЧ-инфицированных лиц суб-субтипа А6, который был выявлен в 70,1 % случаях (148 проб). Субтипы В и С определены в 6,6 % (14 проб) и 1,9 % (4 пробы) соответственно. К современным проявлениям ВИЧ-инфекции на отдельных территориях ДФО следует отнести довольно частое обнаружение рекомбинантных форм ВИЧ-1 (45 проб или 21,3 % в целом по ДФО), сформировавшихся в процессе эволюции генома возбудителя, обусловленной в том числе высокой степенью трансграничной миграции населения. В ходе исследования установлено, что среди рекомбинантных форм возбудителя (45 проб) в 6,7 % случаев (3 пробы) определена форма CRF01_AE, в 4,4 % случаев (2 пробы) - рекомбинантная форма CRF03_AB, в 2,2 % (1 образец из Сахалинской области) - рекомбинантная форма CRF11_cpx. По результатам предварительного субти-пирования 39 (86,7 %) из 45 рекомбинантных образцов из ДФО были определены как рекомбинантная форма вируса подтипа A/G - CRF02_AG.

Авторы:

Издание: Дальневосточный журнал инфекционной патологии
Год издания: 2019
Объем: 2с.
Дополнительная информация: 2019.-N 37.-С.48-49. Библ. 0 назв.
Просмотров: 31