Дальневосточный государственный медицинский университет Поиск | Личный кабинет | Авторизация
Поиск статьи по названию
Поиск книги по названию
Каталог рубрик
в коллекциюДобавить в коллекцию

СОВРЕМЕННЫЕ ПОДХОДЫ К МОЛЕКУЛЯРНОМУ ТИПИРОВАНИЮ VIBRIO PARAHAEMOLYTICUS


Аннотация:

Эпидемиологический надзор за кишечными инфекциями предусматривает осуществление оперативного и ретроспективного анализов ситуации по определенным нозологиям. При этом особое значение придается изучению выделенных культур патогена различными методами, в т.ч. молекулярно-генетическими, с целью выявления источника и факторов передачи возбудителя, определения его клональной структурированности. Обусловленные парагемолитическим вибрионом пищевые ток-сикоинфекции занимают лидирующие позиции в структуре кишечных инфекций, прежде всего в странах Азии [Okuda, 1997, Nair, 2007]. Однако и в России данная проблема также достаточно актуальна. Учитывая значимость патогена в развитии кишечных инфекций, повсеместное его распространение в морской воде рекреационных зон отдельных субъектов РФ, необходима оценка перспективности использования различных методических подходов к молекулярному типированию микроорганизма в системе эпидемиологического надзора. С этой целью было проведено исследование клинических изолятов V. parahaemolyticus, выделенных при спорадических и групповых случаях заболеваний в Приморском крае в 2012-2017 гг. Использовались следующие методические приемы: детекция в ПЦР гена прямого термостабильного гемолизина tdh, анализ количества тандемных повторов (MLVA) в капиллярном электрофорезе, фрагментов рестрикции тотальной ДНК (PFGE), структуры генов «домашнего хозяйства» (MLST) и полногеномных нукпеотидных последовательностей (WGS). По результатам проведенного молекулярно-генетического анализа парагемолитического вибриона показано, что выделенные в Приморском крае клинические штаммы вариабельны по наличию гена основного фактора патогенности tdh: при спорадических случаях идентифицированы thcf варианты, при групповых случаях заболевания - thcf. Однако для определения клональной структуры выделенных штаммов парагемолитического вибриона анализ наличия гена фактора патогенности недостаточен и малоинформативен. Согласно данным ряда зарубежных авторов [Ansede-Bermejo, 2010, Kimura, 2008, Jiang, 2016], в целях оперативного и ретроспективного анализов, определения клональной структурированности и выявления других популяционных особенностей патогена перспективным является метод MLVA, основанный на определении количества повторов по определенным локусам ДНК. Проведенное исследование штаммов парагемолитического вибриона по семи локусам тандемных повторов показывает, что для патогенных клинических штаммов характерна клональность в зависимости от времени изоляции. Так штаммы, выделенные в 2012 г. при вспышке в Хасанском районе, характеризуются кпональностью с формированием в единичных случаях однолокусных вариантов. Другие патогенные V. parahaemolyticus (2017 г.) также имеют идентичные аллельные профили и кластеризуются в обособленную группу со штаммами 2012 г. Согласованность полученных данных и результатов эпидемиологического расследования демонстрирует эффективность метода в оперативном анализе. Кроме этого, Jiang et al. [2016] показана перспективность метода для установления факторов передачи вибриона, о чем свидетельствует анализ выделенных от больного и от предполагаемого фактора передачи (морепродуктов) штаммов V. parahaemolyticus. Сопоставимые результаты с MLVA-типированием получены и по данным макрорестрикционного анализа в пульс-электрофорезе. По структуре семи генов «домашнего хозяйства» установлено, что наибольшим полиморфизмом обладают гены субъединицы В ДНК-гиразы (дугВ), треонин-3-дегидрогеназы (dtdS) и дигидро-оратазы (ругС). При этом дифференциация патогенных вариантов парагемолитического вибриона, изолированных в различные периоды, установлена по структуре гена дугВ, в то время как по другим генам «домашнего хозяйства» штаммы идентичны. SNP-типирование на основе полногеномного секвениро-вания показало, что выделенные в 2012 и 2017 гг. патогенные штаммы кластеризуются между собой, а также со штаммами V. parahaemolyticus 03:Кб серогруппы, выделенными в Азии и Южной Америке, геномы которых представлены в базе GenBank. Этот факт свидетельствует о моноклональности группы пандемичных вариантов парагемолитического вибриона [Matsumoto, 2000]. Непатогенные клинические штаммы характеризуются значительным полиморфизмом структуры генома. Применение данного подхода преимущественно целесообразно для филогенетических исследований, реконструкции путей эволюции патогена и направлений диверсификации клонов парагемолитического вибриона. Таким образом, применение отдельных методических подходов к молекулярно-генетическому типированию V. parahaemolyticus определяется поставленной целью исследования и возможностями материально-технической базы лаборатории, а интерпретация результатов должна осуществляться с учетом эпидемиологических данных и биологических особенностей возбудителя.

Авторы:

Хунхеева Ж.Ю.
Миронова Л.В.
Фортунатова А.В.
Басов Е.А.
Бочалгин Н.О.
Пономарева А.С.
Гладких А.С.
Федотова И.С.
Балахонов С.В.

Издание: Дальневосточный журнал инфекционной патологии
Год издания: 2019
Объем: 3с.
Дополнительная информация: 2019.-N 37.-С.100-102. Библ. 0 назв.
Просмотров: 38

Рубрики
Ключевые слова
gene
parahaemolyticus
th
vibrio
авторский
акты
аллели
америка
анализ
базе
базы
биологический
больной
вариабельность
вариантные
вибрион
вода
возбудители
возможности
восток
временная
время
вспышки
выделение
выявление
гемолизин
гена
генетика
генов
геном
гены
групп
групповая
дальний
данные
данных
детекция
дигидро
дифференциация
днк
другого
единичн
заболевания
зависимости
зарубежные
значению
значимость
зоны
идентификация
изолированное
изоляты
изоляция
изучение
интерпретация
инфекцией
инфекции
использование
исследование
источник
капиллярная
кишечная
кишечные
кластер
клиническая
клональность
клоны
количество
культур
лаборатории
локус
малого
материально
метод
методические
микроорганизмов
молекулярная
моноклональные
морепродукты
морская
надзор
наибольшая
наличия
направлениях
непатогенная
нозология
образ
обусловленные
одного
оперативная
определение
определенного
основа
основания
основной
особенности
особо
осуществление
отдельные
оценка
пандемия
парагемолитический
патоген
патогенность
патогенные
передача
период
перспективная
пищевая
повторов
подход
позиция
пола
полиморфизм
полногеномная
популяционная
последовательностей
прием
применение
приморский
проблема
проведения
профиль
прямая
пульс
путей
пцр
развитие
различный
различными
район
распространение
расследование
результата
реконструкции
рекреационная
рестрикция
ретроспективная
россии
ряда
свидетельства
секвенирование
семей
серогруппы
сибирь
систем
ситуации
след
случаев
современная
согласованная
спорадический
страна
структур
субъединица
субъект
тандемных
термостабильный
типирование
токсикоинфекция
тотальное
треонин
учет
фактор
факторы
филогенетический
формирование
фрагмент
характер
характерного
хозяйство
целью
целях
штамм
штаммы
эволюция
электрофорез
эпидемиологическая
эффективность
южный
Ваш уровень доступа: Посетитель (IP-адрес: 3.239.90.61)
Яндекс.Метрика