КОМПЬЮТЕРНОЕ МОДЕЛИРОВАНИЕ КАК ИНСТРУМЕНТ ИЗУЧЕНИЯ ЛИГАНДНОГО ПОТЕНЦИАЛА ЛАКТАТА

Аннотация:

Изучение взаимодействий между белками и малыми молекулами является актуальным направлением современной фундаментальной науки. Расширение знаний в этой области во многом связано с появлением возможностей моделирования биологической активности соединений in silico. Цель исследования - определить потенциальных белковых партнеров взаимодействия для лактата с применением компьютерной среды STITCH 5.0. Методы. Для прогнозирования белковых партнеров лактата использована программа STITCH (http://stitch.embl.de/). Данная программа строит прогноз в отношении возможного взаимодействия с белками с помощью математического алгоритма, основанном на расчете константы ингибирования, используя при этом информацию, находящуюся в открытых библиотеках химических структур. Содержит 430 000 химических соединений, 9 600 000 белков, 2031 модельный организм. Выбрано графическое отображение полученных результатов в зависимости от аффинитета связи, со степенью вероятности Ра > 0,5. Результаты. Выявлено 367 потенциальных белковых партнеров лактата. Предсказана возможность интермедиата взаимодействовать с митохондриальным переносчиком пирувата, аквапоринами, влиять на передачу гормонального сигнала и нервного импульса, оказывать нейпротекторное действие. Выводы. Полученные данные свидетельствуют об обширной неметаболической роли лактата в регуляции различных биологических процессов, что определяет новые подходы к формированию экспериментальных моделей для подтверждения прогнозируемых эффектов.

Авторы:

Издание: Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии
Год издания: 2020
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2020.-N 4.-С.10-15. Библ. 12 назв.
Просмотров: 20