Характеристика штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных от больных инвазивными пневмококковыми инфекциями, с использованием высокопроизводительного секвенирования

Аннотация:

Цель работы — характеристика антигенных и генетических свойств штаммов Streptococcus pneumoniae, выделенных от больных инвазивными формами пневмококковой инфекции, на основании данных высокопроизводительного секвенирования. Материалы и методы. Исследовано 46 штаммов S. pneumoniae, выделенных при проведении многоцентровых исследований «ПеГАС» в течение 2015-2018 гг. Секвенирование проводилось с использованием реагентов и оборудования фирмы «lllumina». При обработке данных использовались программы «SPAdes» (Россия), «SeroBA» и «РпеитоСаТ», а также программные возможности PubMLST.org. Результаты и обсуждение. Определены полногеномные последовательности штаммов, информация внесена в базу данных PubMLST (id: 51080-51125). У 10 (21%) штаммов найден серотип 3. По 5 (11%) штаммов принадлежали к серотипу 19F и серогруппе 6, из которых у 2 определен серотип 6А, по 1 — 6В и 6ВЕ, у 1 был дискордантный результат (6А или 6ВЕ). У 3(6,5%) штаммов найден серотип 15В. Двукратно обнаружены серотипы 7F, 8, 9V, 14, 22F, 23F и 28А, однократно — 1,4, 9N, 10С, 12F, 18С, 35F, 37 и 38. Доля штаммов с серотипами, входящими в состав PCV13, составляет 65%, в состав PPV23 — 80%. У штаммов установлено 36 сиквенс-типов, из которых 6 — впервые. Мультилокусное секвенирование-типирование не позволяет выявить преобладающий сиквенс-тип или определить клональные комплексы, за исключением штаммов серотипа 3. Невозможность обозначить клональные комплексы согласуется с полученными ранее данными об отсутствии выраженной клональной структуры S. pneumoniae, ассоциированных с пневмококковыми менингитами на территории России. Заключение. С учетом эпидемиологических данных об источниках штаммов и информации о прививочном статусе полученные результаты позволяют оценить эффективность существующих пневмококковых вакцин в отношении инвазивных форм пневмококковых инфекций и предоставляют информацию для расширения возможностей основанных на ПЦР способов серотипирования.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2020
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2020.-N 2.-С.113-118. Библ. 13 назв.
Просмотров: 24