Рациональная стратегия изучения микробиома глазной поверхности пользователей жестких контактных линз методом метабаркодинга по гену 16S рРНК

Аннотация:

Исследование базируется на предположении о том, что существенное таксономическое многообразие бактерий, выявляемое на слизистой оболочке глазной поверхности методами молекулярно-генетического анализа, связано с ее систематической контаминацией кожной микрофлорой. Это затрудняет выявление фракций реального микробиома глазной поверхности, которые остаются за принятым в метагеномном анализе однопроцентным порогом отсечения. В роли физического фильтра для предотвращения захвата остатков ДНК случайных микроорганизмов, одновременно обеспечивающего адгезию живых клеток бактерий и грибов, могут выступать контактные линзы длительного ношения. Для подтверждения этого предположения был проведен детальный анализ литературы, дополненный собственными лабораторными исследованиями. Всего в анализ вошло 16 жестких контактных линз, полученных от 11 пациентов с миопией. Также у 42 пациентов были получены соскобы слизистой оболочки конъюнктивы. Образцы были перекрестно проанализированы методом метабаркодинга гена 16S рибосомальной РНК (рРНК) на платформах 454 GSJunior (lonTorrent) и lllumina MiSeq. В результате лучшую сходимость с данными культуральных тестов, описанных в литературе, показало использование платформы lllumina (при анализе V3—V4-вариабельного региона гена 16S рРНК). Было подтверждено наличие: Acinetobacter (39%), Gluconacetobacter (10,8%), Propionibacterium (9,3%), Corynebacterium (9,3%), Staphylococcus (7,2%), Streptococcus (7%), Pseudomonas (4,1%), Micrococcus (3,3%), Yersinia (3%), Chondromyces (2,4%), Serratia (2,3%), Bacillus (2,1%). Анализ образцов, полученных непосредственно со слизистой оболочки, выявил доминирование микроорганизмов, характерных для кожи. Заключение. В данной работе предложен алгоритм анализа микробиологической пробы, полученной с глазной поверхности с использованием жестких контактных линз длительного ношения в качестве носителя микробной ДНК, для снижения влияния контаминирующих бактерий.

Авторы:

Издание: Вестник офтальмологии
Год издания: 2020
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2020.-N 3.-С.3-9. Библ. 22 назв.
Просмотров: 25