РОЛЬ КОНТАКТОВ CRE-РАЙОНА РНК-ПОЛИМЕРАЗЫ Escherichia coli С НЕМАТРИЧНОЙ ЦЕПЬЮ ДНК В ПРОЦЕССЕ УХОДА С ПРОМОТОРА

Аннотация:

РНК-полимераза (РНКП) узнает последовательность промоторной ДНК благодаря множеству взаимодействий, которые обеспечивают специфичность инициации транскрипции. У бактерий, кроме главного фактора инициации — дельта-субъединицы, — в узнавании промоторов может принимать участие корфермент РНКП. В частности, остаток гуанина в +2 положении (+2G) нематричной цепи ДНК размещается в CRE-кармане (core recognition element), сформированном В-субъединицей РНКП. Целью нашего исследования являлось изучение роли данных контактов в процессе ухода РНКП с промотора. В работе исследованы точечные мутации в В-субъединице РНКП Escherichia coli, которые нарушают описанные взаимодействия. Мы установили, что наличие в составе промотора остатка +2G приводит к замедлению скорости ухода с промотора и увеличению доли неактивных комплексов. Аминокислотные замены в CRE-кармане снижают стабильность промоторных комплексов и изменяют картину коротких РНК-продуктов, синтезируемых в процессе инициации, но не оказывают значительного влияния на скорость перехода к элонгации независимо от наличия остатка +2G. Таким образом, контакты CRE-кармана с +2G не вносят существенного вклада в кинетику ухода РНКП с промотора, а наблюдаемые изменения в эффективности абортивного синтеза не связаны напрямую со скоростью перехода к элонгации транскрипции.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2020
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2020.-N 7.-С.929-939. Библ. 42 назв.
Просмотров: 20