Тетрануклеотидный профиль герпесвирусных ДНК

Аннотация:

Герпесвирусные ДНК (около 90% всех полногеномных последовательностей семейства Herpesvirales, представленных в GenBank) содержат в минимальной концентрации один из двух тетрануклеотидов — CTAG или TCGA. «Недопредставленность» CTAG ранее наблюдалась только в ДНК некоторых бактерий и фагов. Ранее выявленная «недопредставленность» метилируемого димера CpG находит свое выражение в низкой концентрации TCAG в ДНК герпесвирусов. Цель работы — продолжение анализа формальных характеристик герпесвирусных ДНК, а также сопоставление их с плотностью ДНК-микрогомологий вирус/хозяин и с геномной макроструктурой герпесвирусов. Материалы и методы. Проанализированы по 20 штаммов и изолятов каждого из пяти типов вирусов герпеса человека (HHV1, HHV2, HHV3, HHV4, HHV5), 10 штаммов HHV8, 5 штаммов HHV6A, 4 штамма HHV6B и 3 штамма HHV7. Для определения частоты тетрануклеотидов использовали инструменты GenBank, а для сравнения — фрагменты ДНК человека размером с ДНК герпесвирусов. Результаты. Минимальная концентрация CTAG в ДНК герпесвирусов в основном характерна для двух- и односегментных геномов с прямыми или инвертированными концевыми повторами (классов A, D и Е), тогда как минимальная плотность TCGA — главным образом для значительно менее структурированной ДНК (классов В, С и F). По нарастанию плотности CTAG геномы герпесвирусов человека образуют последовательность, близкую к последовательности 20 нт-гомологий ДНК герпесвирус/человек, организованной по нарастанию плотности, что также коррелирует с макроструктурой ДНК. Параллель этой минимизации со структурой ДНК вирусов герпеса или с их принадлежностью к тому или иному подсемейству в литературе не отмечена. Хотя герпесвирусные ДНК довольно велики (125-295 Кб), некоторые из них (например, ДНК HHV4, HHV5 и HHV7) демонстрируют заметные отклонения от второго правила четности ДНК и, таким образом, могут служить компонентом вирусных молекулярных сигнатур. В Обсуждении предлагаются возможные гипотезы происхождения некоторых из отмеченных явлений.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2020
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2020.-N 3.-С.216-226. Библ. 25 назв.
Просмотров: 25