АНАЛИЗ НОВЫХ ГЕНОВ НАЗОФАРИНГЕАЛЬНОЙ КАРЦИНОМЫ С ПОМОЩЬЮ БИОЧИПОВ

Аннотация:

Назофарингеальная карцинома является эпителиальной формой рака, ассоциированного с вирусом Эпштейна—Барр (ВЭБ). Несмотря на распространённость назофарингеальной карциномы, почти ничего не известно о связи экспрессии генов с её развитием. Проведён поиск потенциальных генов, вовлечённых в молекулярные механизмы образования назофарингеальной карциномы. Были загружены библиотеки GSE12452, GSE53819 и GSE64634 из базы данных GEO. С применением интерфейса GEО2R для скрининга дифференциально экспрессирующихся генов (ДЭГ) с помощью программ R и LIMMA были получены диаграммы Венна для коэкспрессированных генов. На основе баз данных GO и КEGG установлены ДЭГ с усиленной или уменьшенной экспрессией. С помощью программы Cytoscape построены и проанализированы сети белок-белковых взаимодействий, соответствующие выявленным ДЭГ, после чего гены-хабы проверены на тканевом уровне и в культурах клеток с помощью количественной ОТ-ПЦР. Обнаружено 483 коэкспрессирующихся ДЭГ, включая 258 ДЭГ с усиленной и 225 ДЭГ с уменьшенной экспрессией, которые в основном участвовали в регуляции клеточного цикла, репликации ДНК, а также в образовании и созревании внеклеточных везикул и экзосом. Оказалось, что в нормальных тканях носоглотки снижена экспрессия CDK1, в то время как в тканях опухоли усилена экспрессия PCNA, MAD2LL PRC1, CENPFnZWINT. При этом выявлена разница в экспрессии PCNA,MA D2L1 и ZWINTy ВЭБ-положительных и ВЭБ-отрицательных культивируемых клеток назофарингеальной карциномы. Применение биоинформатических методов для выявления и анализа различий в экспрессии генов в нормальной и опухолевой ткани позволит продвинуться в понимании механизмов образования и развития назофарингеальной карциномы.

Авторы:

Издание: Бюллетень экспериментальной биологии и медицины
Год издания: 2020
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2020.-N 11.-С.623-630. Библ. 15 назв.
Просмотров: 10