ИССЛЕДОВАНИЕ АЛЛОСТЕРИЧЕСКОГО ЭФФЕКТА 2,8-ДИМЕТИЛИРОВАНИЯ А2503 23S рРНК Е.coli МЕТОДОМ МОЛЕКУЛЯРНО-ДИНАМИЧЕСКОГО МОДЕЛИРОВАНИЯ

Аннотация:

Рибосома — это молекулярная машина, синтезирующая все клеточные белки. Она также является мишенью около половины клинически используемых антибиотиков. Один из способов защиты от антибиотиков заключается в адаптивной химической модификации остатков рибосомальных РНК. Любопытным примером такой модификации служит 2,8-диметилирование А2503 23S рРНК, вызывающее устойчивость к фенико-лам, линкозамидам, оксазолидинонам, плевромутилинам и некоторым макролидам. В настоящей работе методом молекулярно-динамического моделирования исследовалось, как 2,8-диметилирование А2503 влияет на конформации и подвижность нуклеотидных остатков 70S рибосом Escherichia coli. Значительные изменения были выявлены как в непосредственном окружении остатка А2503 23S рРНК, так и глубже в рибо-сомном туннеле (РТ) среди остатков, о которых известно, что они вовлечены в процесс передачи сигнала от антибиотиков, связывающихся в РТ, к пептидилтрансферазному центру. Эти изменения смещают рибосому в сторону состояния А/А,Р/Р из конформационно иного состояния, в нашем примере — это состояние Р/Р,Е/Е. Это позволяет заключить, что эффект модификации m2m8A2503 состоит в дополнительной стабилизации состояния А/А,Р/Р, способствующего пептидилтрансферазной реакции (ПТР) в противоположность действию антибиотиков - ингибиторов ПТР.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2020
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2020.-N 11.-С.1718-1728. Библ. 32 назв.
Просмотров: 24