МЕТОДЫ in vitro, ИСПОЛЬЗУЕМЫЕ ДЛЯ ИЗУЧЕНИЯ ДНК-БЕЛКОВЫХ ВЗАИМОДЕЙСТВИЙ

Аннотация:

Взаимодействие белков с ДНК лежит в основе всех процессов функционирования клетки. К ним относятся: транскрипция, репликация и репарация ДНК, поддержание структуры хромосомы, активация и ингибирование генов с помощью белков-факторов транскрипции и белков-ферментов, участвующих в модификации хроматина, поддержании структуры нуклеосом, контроле экспрессии генов и т.д. Транскрипционные факторы (ТФ) связываются с определенными наборами последовательностей ДНК, активируя или ингибируя транскрипцию генов, а также участвуют в разнообразных процессах передачи сигнала, включая изменение дифференцировки клеток, развития и влияния окружающей среды. Такая важная роль взаимодействий ДНК с транскрипционными факторами способствовала их активному изучению в течение многих лет и разработке различных методов для определения сайтов связывания на матрице ДНК и белков, взаимодействующих с ними, включая футпринтинг, саузерн- и вестерн-блотт-анализы, систематическую эволюцию лигандов экспоненциальным обогащением (SELEX), иммунопреципитацию хроматина (ChIP), сдвиг электрофоретической подвижности (EMSA), поверхностный плазмонный резонанс (SPR) и т.д. Каждый метод имеет свои преимущества и недостатки. Методы и подходы, используемые для изучения связывания ТФ/ДНК, можно разделить на in vivo и in vitro. Методы in vivo (например, ChIP) используются для изучения взаимодействия ТФ/ДНК, происходящего в конкретных условиях, включающих тип ткани, клетки, момент времени и др., и сканирования сайтов связывания ТФ по всему геному. Методы in vitro используются для изучения взаимодействия ТФ/ДНК, обусловленного только структурой белка и ДНК, для определения последовательностей сайтов связывания, силы взаимодействия и характеристики комплексов ТФ/ДНК. В обзоре будут перечислены наиболее широко используемые для изучения ДНК-белковых взаимодействий методы in vitro, так как по каждому из них есть хорошие обзоры. Подробно будут рассмотрены метод футпринтинга и методы определения сродства ДНК/белок, скоростей связывания и диссоциации комплексов ДНК/белок.

Авторы:

Издание: Успехи современной биологии
Год издания: 2020
Объем: 15с.
Дополнительная информация: 2020.-N 6.-С.540-554. Библ. 0 назв.
Просмотров: 22