Выявление РНК SARS-CoV2 с помощью мультиплексной изотермической петлевой амплификации с обратной транскрипцией методом анализа кривых плавления

Аннотация:

В связи с продолжающейся пандемией COVID-19, вызванной коронавирусом SARS-CoV2, существует острая потребность в диагностических тестах для выявления РНК вируса SARS-CoV2. Наиболее широко используемый метод ОТ-ПЦР позволяет получить результаты тестирования в течение 1,5-2 часов. Вместе с тем в связи с нехваткой пропускной способности диагностических лабораторий представляется необходимой разработка более быстрых методов тестирования. Цель исследования. Создание метода выявления РНК коронавируса SARS-CoV2 с помощью мультиплексной изотермической петлевой амплификации (LAMP) с обратной транскрипцией посредством анализа кривых плавления. В качестве стандартных образцов использовали сконструированную плазмиду с фрагментом генома SARS-CoV2 и фага MS2, фрагменты геномной РНК SARS-CoV2 и фага MS2. Клинические образцы (назофарингеальные мазки), получали от пациентов ЦНМТ ИХБФМ СО РАН; РНК выделяли с помощью набора «РИБО-преп» ЦНИИ Эпидемиологии (Москва, Россия). LAMP проводили в амплификаторе CFX96 (Bio-Rad; США). Аналитические характеристики LAMP определяли с помощью разведений стандартных образцов. Клиническую чувствительность и специфичность мультиплексной LAMP оценивали, проводя тестирование клинических образцов одновременно LAMP и ОТ-ПЦР. В результате подобраны праймеры и оптимизированы условия для проводения детекции с помощью LAMP участков РНК SARSCoV2 и фага MS2, который служил внутренним контролем выделения РНК и амплификации. Мультиплексирование было основано на анализе кривых плавления продуктов амплификации. Предел чувствительности мультиплескной LAMP составил 20 молекул РНК SARS-CoV2 на реакцию. Конкордантность результатов тестирования 40 клинических образцов сравнительно с ОТ-ПЦР в реальном времени составила 92%. Выводы. Разработан метод для выявления РНК коронавируса SARS-CoV2 на основе мультиплексной изотермической петлевой амплификации. Метод, основанный на мультиплексной LAMP, может быть использован как альтернатива ПЦР в диагностической практике для экономии машинного времени и времени персонала.

Авторы:

Издание: Вопросы биологической, медицинской и фармацевтической химии
Год издания: 2020
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2020.-N 12.-С.3-9. Библ. 10 назв.
Просмотров: 18