Дальневосточный государственный медицинский университет Поиск | Личный кабинет | Авторизация
Поиск статьи по названию
Поиск книги по названию
Каталог рубрик
в коллекциюДобавить в коллекцию

Структурные особенности генома метициллин-резистентного Staphylococcus aureus (MRSA), устойчивого к цефтаролину представителя эпидемического клона ST239, выделенного в России


Аннотация:

Цель исследования. Проведение геномного анализа метициллин-резистентного устойчивого к цефтаролину Staphylococcus aureus и выявление особенностей генетического разнообразия представителей эпидемического клона ST239, циркулирующих в стационарах РФ. Материалы и методы. Видовую идентификацию проводили с использованием Vitek 2 (bioMerieux). Определение чувствительности к антибиотикам проводили с помощью полуавтоматического бактериального анализатора BD Phoenix (США), к цефтаролину — вручную. Полногеномное секвенирование выполнено на платформе Illumina HiSeq 2500. Обработку и анализ данных осуществляли с помощью ресурсов: CLC Genomics Workbench, SPAdes, RAST Server, NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline, PlasmidFinder, Phaster, BLASTp NCBI, OrthoMCL. Результаты. Выявлены основные характеристики генома SA943, включающие кластеры генов резистентности, факторов патогенности, адгезии, инвазии и регуляции. При анализе структуры генома отмечена наибольшая близость к представителям Евразийского субклона ST239, выявленным в Турции, а также ряд отличий от штаммов 16К и ОСЗ, выделенных в России ранее. Обнаружена уникальная последовательность SSR гена spa, занесенная в базу данных как новый spa тип t-18470. Выявлены замены в аминокислотной последовательности продуктов генов комплекса тес и рекомбиназы ссгС и pbp2, отличающие SA943 от большинства представителей ST239. Заключение. В стационарах РФ выявлены представители нескольких субклонов ST239, в том числе относящийся к Евразийскому субклону устойчивый к цефтаролину SA943. Представители Евразийского субклона не являются однородной группой, а значительно различаются структурой SCCmec и мутациями в ключевых генах антибиотикорезистентности. Полногеномное секвенирование не только позволяет выявить особенности микроэволюции геномов эпидемических штаммов на отдельных территориях, но и улучшить качество эпидемиологического анализа и оптимизировать меры инфекционного контроля.

Авторы:

Дмитренко О.А.
Чаплин А.В.
Тихомиров Т.А.
Балбуцкая А.А.
Пхакадзе Т.Я.
Альховский С.В.

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2020
Объем: 10с.
Дополнительная информация: 2020.-N 4.-С.170-179. Библ. 29 назв.
Просмотров: 19

Рубрики
Ключевые слова
aureus
bioVISION
gene
mrsa
or
ph
pro
ras
scc
spa
st
staphylococcus
адгезия
аминокислоты
анализ
анализатор
антибактериальные
антибиотик
антибиотикорезистентность
базы
бактериального
болезни
большая
видовая
включения
выделение
выполнение
выявление
выявленный
гена
генетика
генетическ
генов
геном
групп
данные
евра
замены
идентификации
инвазии
инфекционная
инфекционные
использование
исследование
исследования
качества
кластер
клоны
ключ
комплекс
контроль
лекарственная
материал
меры
метициллинрезистентный
метод
микробы
молекулярная
мутации
наибольшая
нескольким
новые
обнаружение
обработка
одного
определение
основной
особенности
отдельные
отличия
патогенность
платформа
поза
пола
полногеномная
помощи
последовательностей
представители
проведение
продуктов
различие
регуляции
резистентность
результата
ресурсами
россии
российская
ряда
секвенирование
слова
средства
стационар
структур
структурная
сша
территория
тип
турция
устойчивое
устойчивость
фактор
фармакология
федерация
характеристика
цель
цефтаролин
циркулирующие
число
чувствительность
штамм
эпидемиологическая
эпидемиологические
эпидемический
Ваш уровень доступа: Посетитель (IP-адрес: 18.97.14.86)
Яндекс.Метрика