Структурные особенности генома метициллин-резистентного Staphylococcus aureus (MRSA), устойчивого к цефтаролину представителя эпидемического клона ST239, выделенного в России

Аннотация:

Цель исследования. Проведение геномного анализа метициллин-резистентного устойчивого к цефтаролину Staphylococcus aureus и выявление особенностей генетического разнообразия представителей эпидемического клона ST239, циркулирующих в стационарах РФ. Материалы и методы. Видовую идентификацию проводили с использованием Vitek 2 (bioMerieux). Определение чувствительности к антибиотикам проводили с помощью полуавтоматического бактериального анализатора BD Phoenix (США), к цефтаролину — вручную. Полногеномное секвенирование выполнено на платформе Illumina HiSeq 2500. Обработку и анализ данных осуществляли с помощью ресурсов: CLC Genomics Workbench, SPAdes, RAST Server, NCBI Prokaryotic Genome Annotation Pipeline, PlasmidFinder, Phaster, BLASTp NCBI, OrthoMCL. Результаты. Выявлены основные характеристики генома SA943, включающие кластеры генов резистентности, факторов патогенности, адгезии, инвазии и регуляции. При анализе структуры генома отмечена наибольшая близость к представителям Евразийского субклона ST239, выявленным в Турции, а также ряд отличий от штаммов 16К и ОСЗ, выделенных в России ранее. Обнаружена уникальная последовательность SSR гена spa, занесенная в базу данных как новый spa тип t-18470. Выявлены замены в аминокислотной последовательности продуктов генов комплекса тес и рекомбиназы ссгС и pbp2, отличающие SA943 от большинства представителей ST239. Заключение. В стационарах РФ выявлены представители нескольких субклонов ST239, в том числе относящийся к Евразийскому субклону устойчивый к цефтаролину SA943. Представители Евразийского субклона не являются однородной группой, а значительно различаются структурой SCCmec и мутациями в ключевых генах антибиотикорезистентности. Полногеномное секвенирование не только позволяет выявить особенности микроэволюции геномов эпидемических штаммов на отдельных территориях, но и улучшить качество эпидемиологического анализа и оптимизировать меры инфекционного контроля.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2020
Объем: 10с.
Дополнительная информация: 2020.-N 4.-С.170-179. Библ. 29 назв.
Просмотров: 19