Совершенствование методики SNP-типирования штаммов Vibrio cholerae на основе анализа первичных данных полногеномного секвенирования

Аннотация:

Цель работы — совершенствование метода оценки качества единичных нуклеотидных замен, используемых для SNP-типирования, на основе анализа их распределения в первичных данных полногеномного секвенирования (ридах). Материалы и методы. В работе использованы данные полногеномного секвенирования 56 штаммов Vibrio cholerae, полученные на секвенаторах разных типов. Программное обеспечение разрабатывали на языке программирования Java. Кластерный анализ и построение дендрограммы проведены с использованием авторского программного обеспечения по методу UPGMA. Результаты и обсуждение. Показана «нестабильность» определения ряда SNP в геноме возбудителя холеры. Разработан метод подбора перечня SNP для филогенетического анализа на основе обработки первичных данных полногеномного секвенирования (ридов). Предложена методика использования «контрольных геномов» при проведении кластерного анализа данных полногеномного секвенирования. Заключение. Составлен перечень из 3198 «стабильных SNP» для проведения филогенетического анализа. Показана генетическая близость нетоксигенных штаммов, содержащих ген tcpA (ctxAB-tcpA+), и preCTX-штаммов V. cholerae.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2020
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2020.-N 6.-С.587-593. Библ. 18 назв.
Просмотров: 16