Дальневосточный государственный медицинский университет Поиск | Личный кабинет | Авторизация
Поиск статьи по названию
Поиск книги по названию
Каталог рубрик
в коллекциюДобавить в коллекцию

Генетическое типирование штаммов Vibrio cholerae биовара El Tor, выделенных на территории Кавказа в период 1970-1998 гг., с применением MLVA-5 и wgSNP


Аннотация:

Цель. Филогенетический анализ штаммов Vibrio cholerae 01 биовара El Тог, выделенных в разные годы на территории Кавказа, с использованием мультилокусного анализа числа вариабельных тандемных повторов (MLVA) и полногеномного анализа распределения единичных нуклеотидных полиморфизмов (wgSNP). Объектами исследования служили геномные последовательности 16 клинических штаммов V. cholerae 01 биовара El Тог из коллекции Ставропольского противочумного института, выделенных на территории Кавказа с 1970 по 1998 г., а также 87 полногеномных последовательностей V. cholerae из базы данных NCBI. MLVA проводили по 5 VNTR-локусам. Полногеномное секвенирование осуществляли на платформе «Ion Torrent PGM». В результате исследуемые штаммы относятся к 15 MLVA-типам и делятся на 3 группы в составе одного кластера. Осуществлен анализ структуры основных островов вирулентности и патогенности, а также нуклеотидных полиморфизмов в генах ctxB, tcpA и RstR. Проведен филогенетический анализ штаммов на основе wgSNP-типирования, описаны SNP, специфичные для каждой филогенетической группы. Заключение. Установлено поликлональное происхождение генетически измененных вариантов V. cholerae 01 биовара El Тог. Определено место штаммов V. cholerae биовара El Тог, выделенных с 1970 по 1998 г. на территории Кавказа, в глобальной популяции возбудителя. Показано, что в указанный период на территории Кавказа циркулировали штаммы, принадлежащие к 1-й и 2-й волнам 7-й пандемии холеры. Подтверждено, что случаи холеры на Кавказе являются завозными с территории эндемичных стран, определены наиболее вероятные источники инфекции.

Авторы:

Ковалев Д.А.
Шапаков Н.А.
Писаренко С.В.
Савельева И.В.
Васильева О.В.
Савельев В.Н.
Сирица Ю.В.
Жиров А.М.
Ульшина Д.В.
Кузнецова И.В.
Бобрышева О.В.
Куличенко А.Н.

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2021
Объем: 13с.
Дополнительная информация: 2021.-N 1.-С.46-58. Библ. 29 назв.
Просмотров: 24

Рубрики
Ключевые слова
cholerae
vibrio
анализ
базы
биовары
вариабельность
вариантные
вероятность
вибрионы
вирулентность
возбудители
волна
выделение
гена
генетическ
геном
генотип
глобального
годовые
групп
данные
единичн
завозными
измененное
институт
инфекцией
использование
исследование
исследований
исследования
источник
кавказ
кластер
клиническая
ключ
место
нуклеотидный
объект
одного
описаны
определения
основа
основной
остров
пандемия
патогенность
период
платформа
повторов
поликлональные
полиморфизм
полногеномная
популяции
последовательностей
применение
принадлежащие
проведения
происхождение
противочумный
распределение
результата
секвенирование
слова
случаев
состав
специфичный
ставропольский
стран
структур
тандемных
территории
типирование
указ
филогенез
филогенетический
холера
холерные
цель
циркулирующий
число
штамм
штаммы
эндемические
эпидемиологические
Ваш уровень доступа: Посетитель (IP-адрес: 34.204.176.71)
Яндекс.Метрика