Секвенирование фрагментов генов подсемейства tprll Treponema pallidum

Аннотация:

Современная система молекулярного типирования российской популяции Т. pallidum позволяет получать результаты с существенным доминированием типа 14d/f, что определяет необходимость повышения дифференцирующей способности применяемых методов молекулярного типирования Т. pallidum. Цель. Идентификация с использованием технологии капиллярного секвенирования и анализ вариабельности нуклеотидных последовательностей внутренних фрагментов генов подсемейства tprll современных российских штаммов Т. pallidum subsp. pallidum. Материал и методы. Исследование внутренних вариабельных фрагментов генов подсемейства tprll проведено среди 240 клинических изолятов Т. pallidum, полученных из специализированных медицинских учреждений дерматовенерологического профиля Центрального (Калужская область, г. Москва), Северо-Кавказского (Ставропольский край), Дальневосточного (Республика Саха), Приволжского (Чувашская Республика), Южного (Астраханская область) и Сибирского (Новосибирская и Омская области, Республика Тыва) федеральных округов в 2014-2020 гг. Последовательность внутренних вариабельных фрагментов генов подсемейства tprll определена с использованием технологии капиллярного секвенирования. Результаты. Предложены олигонуклеотиды, позволяющие проводить амплификацию внутренних участков генов непосредственно из ДНК изолята и обеспечивать корректное прочтение его нуклеотидной последовательности при секвенировании. Описаны 2 варианта последовательностей внутренних вариабельных участков, отличающихся по составу, в нуклеотидной позиции 1340 гена tprG штамма Nichols Т. pallidum. Заключение. Вариабельность нуклеотидных последовательностей генов подсемейства tprll современных российских штаммов Т. pallidum subsp. pallidum является одним из резервов для повышения эффективности современной системы молекулярного типирования Т. pallidum.

Авторы:

Издание: Вестник дерматологии и венерологии
Год издания: 2020
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2020.-N 6.-С.20-28. Библ. 24 назв.
Просмотров: 20