Исследование частоты встречаемости двойной ВИЧ-инфекции в России

Аннотация:

Цель. Разработка и валидация методологии выявления двойной ВИЧ-инфекции на основе результатов классического секвенирования «по Сэнгеру», а также оценке частоты встречаемости двойной ВИЧ-инфекции в России. Материалы и методы. Было проведено секвенирование фрагмента гена роl ВИЧ-1 модельных образцов двойной ВИЧ-инфекции, осуществлен расчет индекса вырожденности (DB-индекса) и индекса синонимичности (SM-индекса) и определены пороговые значения этих величин для выявления двойной ВИЧ-инфекции. Был проведен анализ нуклеотидных последовательностей фрагмента гена pol коллекции образцов ВИЧ-1 (n=1561) от российских пациентов. Результаты. Было определено, что использование пороговых значений 34 для DB-индекса и 0,05 для SM-индекса эффективно выявляет двойную ВИЧ-инфекцию во фрагментах обратной транскриптазы (RT) и протеазы-обратной транскриптазы (PR-RT) гена роl соответственно. Был выявлен 21 (1,35%) образец двойной ВИЧ-инфекции в исследованной коллекции (18 из которых были собраны в 2014 г. и позже), 12 из них были получены от пациентов из Центрального федерального округа. Была обнаружена обратная зависимость между вероятностью выявления двойной ВИЧ-инфекции и длительностью инфекции пациента. В общей сложности 11/21 образцов двойной ВИЧ-инфекции содержали мутации лекарственной устойчивости, 7 (33,33%) из них имели замены, не связанные с естественным полиморфизмом ВИЧ-1. Заключение. Проблема двойной ВИЧ-инфекции в России актуальна и требует дальнейшего изучения.

Авторы:

Издание: Инфекционные болезни
Год издания: 2020
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2020.-N 4.-С.138-148. Библ. 31 назв.
Просмотров: 18