Методологические подходы к определению чувствительности штаммов Salmonella к фторхинолонам

Аннотация:

Цель. Оценить эффективность различных подходов к определению чувствительности штаммов Salmonella, включая S. typhi, к фторхинолонам, учитывая молекулярные механизмы резистентности. Сравнили значения МПК ципрофлоксацина с диаметрами зон подавления роста вокруг диска с пефлоксацином, 5 мкг (310 штаммов) и налидиксовой кислотой, 30 мкг (420 штаммов). МПК ципрофлоксацина определяли методами градиентной диффузии и последовательных разведений в бульоне. Использовали агар и бульон Мюллера - Хинтон, диски и полоски с антибиотиками производства Oxoid (Великобритания). Изучили молекулярные механизмы резистентности к хинолонам у 19 штаммов. Характер мутаций в QRDR-регионе генов gyrА, gyrВ, раrС и раrЕ и наличие генов, ассоциированных с плазмидами (qnr, аас-(6')-1b и др.), оценили путем анализа последовательностей, полученных методом полногеномного секвенирования с использованием сервиса ResFinder биоинформационной платформы Center of Genomic Epidemiology. Геномные ДНК-библиотеки готовили с использованием набора реагентов MiSeq Nextera XT Library Preparation Kit (lllumina, США). Секвенирование проводили на приборе MiSeq (lllumina, США) с набором реагентов MiSeq Reagent Kit v3 600 cycles (lllumina, США). Сборку и анализ геномов проводили с помощью CLC Genomics Workbench 8.0 (QIAGEN, США). В результате, несмотря на высокую конкордантность МПК ципрофлоксацина и результатов скрининговых тестов с дисками пефлоксацина (совпадение категории чувствительности для 96,5% штаммов) и налидиксовой кислотой (совпадение для 98,1% штаммов), результаты, полученные для некоторых устойчивых штаммов, противоречили друг другу, что создало вероятность ошибочной категоризации штамма при тестировании одним методом. Расхождение результатов было получено в 19 случаях сравнения, причем в 3 случаях оно имело объективную причину, а именно наличие у штаммов «парадоксального» фенотипа устойчивости, обусловленного плазмидным механизмом (ген qnrS). Остальные расхождения наблюдались в том случае, если полученные значения являлись пограничными: МПК ципрофлоксацина - 0,06 мг/л, диаметр зоны подавления роста для пефлоксацина - 24 мм. Повторное тестирование штаммов выявило колебания значений вокруг пограничного: МПК - 0,06-0,1 2 мг/л, диаметр - 23-25 мм. Выводы. При определении чувствительности штаммов Salmonella к фторхинолонам целесообразно ввести категорию «Зона технической неопределенности»: МПК ципрофлоксацина - 0,06 мг/л, диапазон диаметра зоны подавления роста для пефлоксацина - 23-25 мм. При проведении скрининга диско-диффузионным методом необходимо использовать пефлоксацин и налидиксовую кислоту.

Авторы:

Издание: Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия
Год издания: 2020
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2020.-N 4.-С.314-320. Библ. 31 назв.
Просмотров: 20