АССОЦИАЦИЯ МЕЖДУ ЭВОЛЮЦИОННОЙ КОНСЕРВАТИВНОСТЬЮ ДЛИННЫХ НЕКОДИРУЮЩИХ РНК И ПРИСУТСТВИЕМ CPG-OCTPOBOB

Аннотация:

Гены длинных некодирующих РНК (IncRNA) в большом количестве представлены у млекопитающих, но их функции остаются в значительной степени неизвестными. Одним из возможных способов их изучения является использование крупномасштабных сравнений различных характеристик IncRNA с характеристиками кодирующих белок генов, для которых имеется множество функциональной информации. Характерной особенностью белок-кодирующих генов у млекопитающих является высокая эволюционная консервативность последовательностей экзонов. Хотя консервативность ДНК-последовательностей экзонов IncRNA не столь выражена, как у белок-кодирующих генов, но, тем не менее, она существенно выше, чем у интронов генов IncRNA. Мы оценили консервативность указанных характеристик с помощью множественного выравнивания четырех млекопитающих — человека, шимпанзе, мыши и крысы. Была проведена разметка экзон-интронной структуры каждого гена некодирующей IncRNA, а также их промоторной части (300 п.н.), и вычислена консервативность по позициям полных выравниваний. Исследование связи консервативности генов IncRNA и наличием/отсутствием CpG-островов (CGI) выявило более высокую консервативность генов IncRNA, которые локализованы рядом с CGI. Эта тенденция может быть причиной выявленной ранее ассоциации между консервативностью и уровнем экспрессии IncRNA. Важной задачей также являлась классификация выборок по типу IncRNA (сенс-, антисенс-, межгенных РНК, и псевдогенных локусов). Выяснилось, что IncRNA, находящиеся в белок-кодирующем локусе в прямой цепи (сенс-lncRNA), обладают наибольшим количеством промоторных CGI. На втором месте по встречаемости CGI были псевдогены, и на третьем месте — антисенс-lncRNA. Межгенные IncRNA обладали наименьшей долей CGI. Это позволило сделать вывод, что CGI-острова более присущи промоторам кодирующих генов, нежели некодирующих. Оценка консервативности CGI-островов путем сравнения геномов человек—мышь по наличию ортологичных CGI выявила степень их консервативности около 45%. Оценка консервативности еще раз подтвердила наличие ген-специфичных сигналов в некодирующих РНК. Расширение репертуара ген-специфичных сигналов для IncRNA с помощью CGI было сделано впервые, насколько известно авторам.

Авторы:

Издание: Успехи современной биологии
Год издания: 2021
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2021.-N 2.-С.107-117. Библ. 0 назв.
Просмотров: 16