Дальневосточный государственный медицинский университет Поиск | Личный кабинет | Авторизация
Поиск статьи по названию
Поиск книги по названию
Каталог рубрик
в коллекциюДобавить в коллекцию

Анализ кишечного микробиома при колоректальном раке


Аннотация:

Цель. Сравнительный анализ микробиома биоптатов опухолевого и нормального кишечного эпителия пациентов с диагностированным колоректальным раком и выявление функциональных активностей выделенных изолятов бактерий, влияющих на развитие опухоли. В исследование включены 50 больных злокачественными новообразованиями толстой кишки: 36 мужчин и 24 женщины. Средний возраст пациентов составил 64,1±10,2 года. Для анализа микробиоты биоптатов образцы ДНК получали из ткани непоражённой слизистой оболочки толстой кишки и опухоли. Фрагменты генов бактериальной 16S рРНК амплифицировали с помощью штрих-кодированных праймеров Bakt_341F. Метагеномное секвенирование нового поколения было выполнено на платформе MiSeq. Полученные данные обрабатывали биоинформационными методами с использованием пакета QIIME. Распознавание микроорганизмов в зависимости от морфотипа и грам-принадлежности микрофлоры проводили с использованием дифференциальных комбинированных сред и биохимических тестов. Статистическую обработку данных проводили с использованием приложений Microsoft Excel, пакета обновления 2 для Office ХР, Statistica (StatSoft) версии 6.0. Для проведения сравнительного анализа полученных данных применяли t-критерий Стьюдента, а в случае несоответствия его условиям — критерий Манна-Уитни. Для оценки а-разнообразия бактериальных сообществ использовали индекс Шеннона, бета-разнообразие сообществ оценивали по методу UniFrac. В результате у больных колоректальным раком выделено 5 бактериальных фил, преобладающими из которых были Firmicutes и Bacteroidetes, в то время как содержание Actinobacteria было низким. Кроме того, в опухолевой ткани отмечено более высокое количество представителей Fusobacteria по сравнению с тканью здоровой слизистой оболочки, на расстоянии 5 см проксимальнее опухоли. Полученные результаты свидетельствуют о том, что микробном опухоли и здоровой слизистой оболочки принципиально различается не только по морфотипу и грам-принадлежности, но и по антагонистической, гемолитической и рибонуклеотической активности. Вывод. Колонизация опухоли доминирующими грамотрицательными бактериями с выраженными агрессивными свойствами приводит к значительным изменениям состава опухолевого микробиома по сравнению со здоровой слизистой оболочкой, представители которой вытесняются с повреждённого эпителия более агрессивными штаммами.

Авторы:

Гатауллин Б.И.
Гатауллин И.Г.
Нгуен Тхи Нга
Колпаков А.И.
Ильинская О.Н.

Издание: Казанский медицинский журнал
Год издания: 2021
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2021.-N 2.-С.185-191. Библ. 22 назв.
Просмотров: 24

Рубрики
Ключевые слова
excel
mis
tкритерийй
агрессивность
активность
анализ
антагонисты
бактериального
бактерии
бета1-гликопротеин
биоинформатика
биоптат
биохимическая
болеющие
больные
включениями
влияющие
возраст
время
вывод
выделение
выполнение
высокий
выявление
гемолитическая
генов
года
грамотрицательные
данные
диагностических
дифференциальная
днк
дом
женщин
зависимости
здоровое
злокачественная
изменение
изоляты
индекс
использование
исследование
кишечная
кишки
ключ
количество
колонизация
колоректальные
комбинированная
критерийФишера
манна-уитни
метод
микроб
микробиом
микробная
микроорганизмов
микрофлора
морфотип
мужчин
низкие
новообразования
новые
нормальная
оболочка
обработка
образцов
опухолевая
опухолей
оценка
пакет
пациент
платформа
повреждения
поколений
пола
помощи
праймер
представители
принцип
проведение
проксимальная
развитие
различие
рак
распознавание
расстояния
результата
рибонуклеаза
рибонуклеазы
свидетельства
свойства
секвенирование
слизистая
слова
случаев
содержание
сообщество
состав
сравнение
сравнительная
среда
среднего
статистические
тестовые
ткань
толстая
условия
фрагмент
функциональная
цель
штамм
эпителии
Ваш уровень доступа: Посетитель (IP-адрес: 3.129.216.15)
Яндекс.Метрика