ПОДБОР ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ ЛИГАНДОВ К TRPM8 С ПОМОЩЬЮ ГЛУБОКИХ НЕЙРОННЫХ СЕТЕЙ И МЕЖМОЛЕКУЛЯРНОГО ДОКИНГА

Аннотация:

TRPM8 вовлечен в развитие гиперчувствительности бронхов к холоду и рассматривается как потенциальная мишень для лекарственных средств, создаваемых с помощью компьютерного дизайна. Цель. Разработка стратегии подбора лигандов к TRPM8 методами in silico. Материалы и методы. С помощью инструментов машинного обучения на основе глубоких нейронных сетей и дальнейшей верификацией методом межмолекулярного докинга предложена стратегия для предсказания потенциальных лигандов к TRPM8, заключающаяся в использовании нейросети для отсева потенциальных кандидатов на роль лекарства и уменьшения тем самым списка лигандов-кандидатов для проверки с помощью межмолекулярного докинга программой AutoDock, позволяющей оценить сродство белка к лиганду по минимальной энергии связывания и выявлять возможные конформации лиганда при связывании с определенными центрами (аминокислотными остатками) белка. В качестве последних были использованы: У 745 (тирозин 745 - критический центр для TRPM8), R1008 (фенил-аланин 1008) и L1009 (аланин 1009). Результаты. Из предсказанных нейросетью 10 потенциальных лигандов восемь показали высокую минимальную энергию связи и большее количество конформаций по сравнению с классическим лигандом TRPM8 - ментолом при верификации программой AutoDock. Два предсказанных лиганда не проявили способности взаимодействовать с TRPM8, что может быть связано с недостаточной выделенной памятью вычислительного устройства для проведения успешного докинга или иными техническими причинами. Выводы. Предложенная стратегия является универсальной, позволит ускорить поиск лигандов к различным белкам и будет способствовать ускоренному поиску потенциальных лекарственных веществ методами in silico.

Авторы:

Издание: Бюллетень физиологии и патологии дыхания
Год издания: 2021
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2021.-N 80.-С.26-33. Библ. 14 назв.
Просмотров: 20