МАСТЕР-РЕГУЛЯТОРЫ, СВЯЗАННЫЕ С ПЛОХИМ ПРОГНОЗОМ ПРИ ГЛИОБЛАСТОМЕ

Аннотация:

Глиобластома (GBM, glioblastoma multiforme) является злокачественной опухолью головного мозга со средним сроком выживания 15 месяцев. Менее 2% пациентов выживают после 36 месяцев. Для понимания молекулярного механизма, ответственного за плохой прогноз, мы проанализировали 560 образцов GBM транскриптомных данных на основе микрочипов из базы данных TCGA (The Cancer Genome Atlas). Анализ с помощью одномерной регрессии Кокса позволил идентифицировать 720 генов, которые оказывают значительное влияние на продолжительность выживания. Для установления потенциальных механизмов регуляции активности этих генов и построения сетей генной регуляции мы использовали программное обеспечение Genome Enhancer (https://genexplain.com/genome-enhancer/). В результате мы выявили 12 транскрипционных факторов, сайты которых обогащены в промоторах этих генов, включая ключевой фактор регуляции многих патологических процессов в GBM — STAT3. Мы установили, что ген STAT3 дифференциально экспрессируется в экстремальных группах выживания (кратковременное выживание - выживаемость менее 12 месяцев и долговременное выживание — выживаемость более 36 месяцев), и его экспрессия коррелирует с продолжительностью жизни у пациентов при глиобластоме. На следующем этапе мы определили мастер-регуляторы в сети передачи сигналов в клетках, которые регулируют активность этих транскрипционных факторов. Под мастер-регуляторами мы подразумеваем такие управляющие белки в регуляторной сигнальной сети, которые играют ключевую роль в управлении исследуемым молекулярным процессом. Мастер-регуляторы были отфильтрованы на основе данных об их дифференциальной экспрессии в экстремальных группах выживания и корреляции с продолжительностью жизни у пациентов с GBM. Проведённое исследование подтверждает полученные нами ранее результаты, согласно которым мастер-регуляторы IGFBP2, PDGFA, OSMR и АЕВР1 связаны с уменьшением времени выживания пациентов С GBM. Кроме того, мы выявили гены CD14, CD44, DUSP6, GRB10, IL1RAP, FGFR3 и POSTN в качестве мастер-регуляторов выживания при глиобластоме. Эти мастер-регуляторы предложены в качестве перспективных мишеней для терапевтического воздействия при неблагоприятным прогнозе при GBM. На основе их анализа с использованием программ Genome Enhancer и PASS мы отобрали несколько перспективных лекарственных препаратов в качестве потенциальных средств для борьбы с агрессивными формами GBM и повышения выживаемости пациентов.

Авторы:

Издание: Биомедицинская химия
Год издания: 2021
Объем: 12с.
Дополнительная информация: 2021.-N 3.-С.201-212. Библ. 45 назв.
Просмотров: 19