КОНСТРУИРОВАНИЕ ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ПЦР В ПРОГРАММЕ PRIMER-BLAST

Аннотация:

Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) широко применяется для решения разнообразных задач. Так, в клинико-лабораторной диагностике ПЦР используют для детекции патогенов бактериальной и вирусной природы, при диагностике наследственных заболеваний и для установления отцовства. Существует три модификации метода, которые позволяют проводить качественную, полуколичественную и количественную оценку присутствия молекул нуклеиновых кислот. В основе метода лежит многократное удвоение фрагмента ДНК или РНК, в результате чего синтезируется значительное число копий интересующего участка нуклеиновой кислоты. Необходимыми компонентами реакции являются молекулы ДНК или РНК, которые служат матрицей для синтеза новых молекул; полимераза — фермент, который синтезирует новые цепи ДНК; и короткие олигонуклеотиды — праймеры, которые необходимы для работы фермента и являются специфичными к фрагменту интереса. На данный момент имеется не так много инструментов для конструирования праймеров, которые были бы одновременно простыми в использовании и общедоступными. Одним из таких инструментов является онлайн-ресурс Primer-BLAST, интегрированный в базу данных NCBI. Его преимуществами являются информативность, наглядность и свободный доступ к актуальной информации баз данных, таких как GenBank, RefSeq, данных о геномах и транскриптах. Но и для этого ресурса отсутствуют подробные инструкции по конструированию праймеров. Данная статья является обновлением для выпущенного ранее учебного пособия и представляет пошаговое руководство по поиску целевых участков ДНК, подбору праймеров, и оценке качества имеющихся праймеров. В тексте отражен личный опыт авторов, призванный помочь исследователям, работающих с ПЦР.

Авторы:

Издание: Трансляционная Медицина
Год издания: 2021
Объем: 16с.
Дополнительная информация: 2021.-N 3.-С.37-52. Библ. 5 назв.
Просмотров: 32