Дальневосточный государственный медицинский университет Поиск | Личный кабинет | Авторизация
Поиск статьи по названию
Поиск книги по названию
Каталог рубрик
в коллекциюДобавить в коллекцию

Изменчивость генома холерных вибрионов Эль Тор, выделенных до начала и в разные периоды текущей пандемии холеры


Аннотация:

Нестабильность генома возбудителя холеры приводит к появлению его новых вариантов с измененными эпидемически значимыми свойствами. Это определяет актуальность исследования динамики изменений структуры генов патогенности и персистенции холерных вибрионов, выделенных через длительные периоды времени. Материал и методы. Биоинформационный анализ нуклеотидных последовательностей полных геномов 44 токсигенных и нетоксигенных штаммов V. cholerae Ol биовара Эль Тор, выделенных до начала и в разные периоды текущей пандемии, среди которых 29 было выявлено в России. Для SNP-типирования использовали алгоритм Байесовского эволюционного анализа с применением программы BEAST v2.5.1. Результаты и обсуждение. На основе SNP-анализа показано, что занос эпидемически опасных штаммов в Россию (1970— 2014 гг.) совпадал с временным периодом трех различных волн глобального распространения холеры в мире. Сравнение нуклеотидных последовательностей участков генома холерных вибрионов, определяющих вирулентность и способность к эпидемическому распространению, подтвердило многоступенчатость и быстроту их изменения. Впервые установлено, что геномы островов патогенности VPI-1 и VPI-2 предпандемических штаммов содержат различные мутации, которые отличают их от генома пандемических штаммов. В то же время выявлена консервативность нуклеотидной последовательности всех изученных генов персистенции из VPI-2 и EPI пандемических изолятов. Напротив, у современных нетоксигенных штаммов ctxA-tcpA- обнаружена существенная вариабельность генов персистенции, входящих в состав этих мобильных элементов. Заключение. Новые данные о структуре участков генома холерных вибрионов, связанных с персистенцией, могут быть использованы для дифференциации холерных вибрионов с разной эпидемической значимостью.

Авторы:

Смирнова Н.И.
Баданин Д.В.
Рыбальченко Д.А.
Краснов Я.М.
Крицкий А.А.
Лозовский Ю.В.
Федоров А.В.
Кутырев В.В.

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2021
Объем: 13с.
Дополнительная информация: 2021.-N 2.-С.25-37. Библ. 27 назв.
Просмотров: 23

Рубрики
Ключевые слова
197
be
cholerae
vibrio
акты
алгоритм
анализ
байесовские
биовары
биоинформатика
болезни
быстрый
бытовые
вариабельность
вариантные
вибрион
вибрионами
вирулентность
возбудители
впервые
временная
временных
время
входной
выделение
вызываемые
генов
геном
гены
глобального
данные
динамика
дифференциация
длительная
занос
значимость
изменение
измененное
изменчивость
изоляты
изучению
инфекции
инфекционные
использованием
исследование
ключ
консервативность
материал
метод
мирового
мобильность
мобильные
мутации
начала
нестабильность
новые
нуклеотидный
обнаружение
опасные
основа
остров
пандемия
патогенность
период
персистенции
полная
полногеномная
последовательностей
применение
программ
различный
распространение
результата
россии
свойства
связанные
слова
современная
состав
способности
сравнение
среда
структур
ток
тория
участковый
холера
холерная
штамм
эволюционная
элементы
эпидемиология
эпидемический
Ваш уровень доступа: Посетитель (IP-адрес: 34.204.176.71)
Яндекс.Метрика