Анализ микробного разнообразия казеозного некроза туберкулезных очагов

Аннотация:

В настоящем исследовании получены новые данные о специфической микробиоте казеозного содержимого туберкулезных очагов. Сформулировано новое понимание гипотезы о микробиоте, формирующей полимикробный биофильм, повышающий устойчивость к используемым в лечении противотуберкулезным препаратам. Цель исследования. Анализ микробного разнообразия казеозного некроза туберкулезных очагов молекулярно-биологическими методами. Хирургический материал (388 образцов) за 2018—2019 гг. был исследован ПЦP-методом (GeneXpert) на наличие АНК микобактерий и мутаций устойчивости к рифампицину. По результатам исследования GeneXpert, устойчивость к рифампицину присутствовала в 131 (34%) случае, чувствительность к рифампицину обнаружена в 222 (57%) образцах, АНК микобактерий туберкулеза не была обнаружена в 35 (9%) случаях. В подавляющем большинстве случаев исследуемым хирургическим материалом были туберкуломы. На основе известных эубактериальных праймеров EUB335L/EUB775R и разработанных самостоятельно TaqMan зондов, создан ПиР тест. Он пригоден для сравнительного определения концентрации микобактериальной АНК (мбтАНК) в очаге относительно тотальной эубактериальной (эубДНК). Полученные результаты свидетельствуют, что исследуемые сообщества микроорганизмов в туберкулезных очагах делятся как минимум на 2 типа: (i) микобактериальная казеома (туберкулома), в которой 70% геномов и более соответствует микобактериям туберкулеза; (ii) полимикробное сообщество, в котором концентрация микобактерий туберкулеза варьирует от 0 до 10%. Метагеномный анализ ампликонов проведен для 2 образцов. Пять образцов из коллекции были подвергнуты молекулярному клонированию и секвенированию по Сэнгеру. Около 2/3 идентифицированных родов сателлитной микробиоты казеом отнесены к грамотрицательным палочкам, и около V3 — к грамположительным коккам. Заключение. Микробное обсеменение некротического содержимого туберкулом оценено в 1 04—108 бактериальных геномов на 1 г. Предполагается, что общее количество микробной АНК, в том числе микобактериальной, в некротическом содержимом туберкулом не превышает 10% от общего состава.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2021
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2021.-N 3.-С.18-24. Библ. 20 назв.
Просмотров: 18