Секвенирование следующего поколения в HLA-типировании больных с показаниями к трансплантации аллогенных гемопоэтических стволовых клеток и их доноров

Аннотация:

Введение. Выживаемость больных после трансплантации аллогенных гемопоэтических стволовых клеток (алло-ТГСК) от неродственного или гаплоидентичного родственного донора повышается, если при HLA-типировании донор и реципиент подобраны с разрешением, позволяющим выявлять различия в некодирующих регионах HLA-генов. Секвенирование следующего поколения (next-generation sequencing — NGS) — метод, позволяющий выявлять замены в некодирующих регионах Н/А-генов. Цель — анализ результатов типирования генов HLA методом NGS. Материалы и методы. Методом NGS с помощью наборов AllType (One Lambda, США) HLA-генотипированы 1056 образцов ДНК больных с показаниями к алло-ТГСК, их родственных доноров и доноров регистра. Параллельно одновременно HLA-типировали 96 образцов ДНК по 8 генам HLA (А/В/C/DRB1/DRB3/DRB4/DRВ5/DQB1) с получением результатов в течение одной рабочей недели. Результаты. Для HLA-генов класса I результаты получены на уровне 4-го поля (отдельного HLA-аллеля). Для HLA-генов класса II результаты получены с разрешением на уровне от 2-го до 4-го полей (от высокого до аллельного). Впервые для русской популяции (657 доноров регистра) получены результаты на уровне 4-го поля по HLA-генам класса I. Установлены наиболее высокочастотные HLA-aллели: для гена HLA-A это А*02:01:01:01 (26,9 %), для HLA-B - В*07:02:01:01 (12,5 %), для HLA-C - С*07:02:01:03 (12,6 %). Среди HLA-генов класса II наиболее частые варианты: DRB1 *07:01:01 (14,1 %), DRB3*02:01:01 (18,0%), DRB4*01:03:01 (18,9%), DRB5*01:01:01 (13,5%), DQB 1*03:0IP (17,4%). Заключение. Использование NGS для HLA-типирования позволило получить результаты на уровне аллельного и высокого разрешения с минимальным количеством неоднозначностей при параллельном секвенировании большого числа образцов. Внедренный метод выявляет генетические полиморфизмы не только в экзонах генов HLA, но и в некодирующих областях и может использоваться для типирования больных с показаниями к алло-ТГСК, родственных доноров и неродственных доноров.

Авторы:

Издание: Гематология и трансфузиология
Год издания: 2021
Объем: 12с.
Дополнительная информация: 2021.-N 2.-С.206-217. Библ. 23 назв.
Просмотров: 21