ОСНОВАННЫЕ НА МОЛЕКУЛЯРНОМ ПУТИ EGFR ГЕННЫЕ ПОДПИСИ КЛИНИЧЕСКИ ЗНАЧИМЫХ МУТАЦИЙ ПРИ РАКЕ МОЛОЧНОЙ ЖЕЛЕЗЫ, ЛЕГКИХ, ЩИТОВИДНОЙ ЖЕЛЕЗЫ И ПРИ МЕЛАНОМЕ

Аннотация:

Гены EGFR. BRAF, PIK3CA и KRAS играют важную роль в молекулярном пути EGFR и при раке часто несут активирующие диагностические мутации, предсказывающие ответ на многие таргетные терапевтические препараты. Тем не менее связь между этими мутациями и особенностями генной экспрессии систематически не изучалась. Мы исследовали такие связи тремя способами. Во-первых, исследовали экспрессию этих генов в опухолях в зависимости от наличия мутаций с использованием базы данных профилей РНК-секве-нирования проекта The Cancer Genome Atlas (n = 3660). Во-вторых, сравнили мутационный статус с уровнем активации молекулярного пути EGFR. В-третьих, сопоставили мутационный статус с расчетным уровнем экспрессии транскрипционной подписи, полученной из дифференциально экспрессируемых генов пути EGFR между опухолями, мутантными и референсными по данным генам. Активация пути EGFR оказалась связана с мутациями генов BRAF (рак щитовидной железы, меланома) и PIK3CA (рак молочной железы). Было показано, что уровни экспрессии генных подписей связаны с мутациями в BRAF (рак щитовидной железы, меланома), EGFR (плоскоклеточный рак легкого), KRAS (колоректальный рак), PIK3CA (рак молочной железы), однако приемлемый биомаркерный потенциал со значением AUC > 0,7 (0,809) мы наблюдали лишь для подписи гена BRAF при раке щитовидной железы. Эта подпись была затем проверена на независимом наборе литературных данных (п = 127, свежезамороженные образцы, AUC 0,912), а также на экспериментальном наборе данных, полученном в Эндокринологическом научном центре г. Москвы (п — 42, образцы парафинизированной ткани, AUC 0,822). Полученные данные показывают, что профили генной экспрессии могут использоваться для надежной детекции мутации BRAF V600E при папиллярном подтипе рака щитовидной железы. Результаты демонстрируют применимость количественного анализа генной экспрессии для четкого определения статуса образца по драйверным онкогенным мутациям.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2021
Объем: 14с.
Дополнительная информация: 2021.-N 11.-С.1719-1732. Библ. 48 назв.
Просмотров: 16