НЕСОСТОЯВШЕЕСЯ ИНТЕРВЬЮ С СИДНЕЕМ БРЕННЕРОМ: ПРЕВРАЩЕНИЕ ДАННЫХ В ЗНАНИЕ, БИОИНФОРМАТИКА, BIG DATA И ... «IS WATER Н2О?»

Аннотация:

Обзор представляет собой попытку объяснить некоторые непростые проблемы, связанные с попытками разобраться в механизмах функционирования организмов, в частности, с использованием коллекций Big Data (больших данных). Форма обзора — воображаемое интервью с одной из наиболее ярких фигур эпохи возникновения молекулярной генетики и биологии, уникальным учёным и философом науки Нобелевским лауреатом Сиднеем Бреннером, открывшим для науки замечательный объект исследования — прозрачного 1000-клеточного червя Caenorhabditis elegans и многое другое. Его размышления и выводы относительно неизбежного «конфликта» между быстрорастущими массивами данных (Big Data), получаемых с помощью современных технологий секвенирования, и принципиальными ограничениями («запретами»), возникающими потому, что сложные взаимодействующие системы (организмы) вследствие взаимодействий порождают непредсказуемые «возникающие» свойства, абсолютно актуальны для понимания нерешаемых проблем таких современных тенденций, как «системная биология». Помимо принципиальных ограничений, сами по себе Big Data страдают от серьёзных дефектов, среди которых наиболее явными являются скрытые ошибки и принципиально низкая воспроизводимость. Отдельно следует отметить ещё один, возможно, принципиальный барьер — неполноту данных (количество данных п all). Эту проблему демонстрируют два небольших наиболее изученных организма, Escherichia coli (1600 генов, то есть 34,6% из 4623 уникальных генов не имеют экспериментальных доказательств функционирования) и С. elegans с белками, идентифицированными примерно для 50% генов. Другой яркий пример — «искусственная» бактерия, JCVI-syn3.0, с минимальным набором генов в геноме. Из её 473 генов биологическая функция не приписана 149 (31,5%). Бреннер указывает, что преобразование данных в знания представляет собой серьёзную проблему для будущих биологических исследований. Для этой цели биологии срочно нужна теоретическая база для её унификации. При этом правильным уровнем исследований он считает клетку и предлагает проект CELLMAP, как системы для организации биологической информации. Как абсолютно честный учёный, он говорит: «Если бы я знал [как это делать], я бы делал это, а не писал о проблеме. Понять, как это делать — остаётся главной проблемой биологических наук».

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2021
Объем: 14с.
Дополнительная информация: 2021.-N 12.-С.1826-1839. Библ. 63 назв.
Просмотров: 17