Определение чувствительности Mycobacterium tuberculosis к противотуберкулёзным препаратам с помощью полногеномного секвенирования и программного обеспечения «Мykrоbе»

Аннотация:

Чувствительность Mycobacterium tuberculosis к противотуберкулёзным препаратам устанавливается с помощью фенотипических и молекулярных методов. Анализ целого генома штаммов М. tuberculosis даёт возможность предсказывать резистентность к лекарствам для большого числа медикаментов. Для этого разработано несколько видов программного обеспечения. Цель работы — определить чувствительность М. tuberculosis к антитуберкулёзным препаратам с помощью фенотипического и генотипического анализа, а также полногеномного секвенирования с использованием программного обеспечения «Муkrоbе». Исследовали 34 мультирезистентных штамма М. tuberculosis, выделенных из клинических материалов 34 пациентов в Болгарии. Все они были подтверждены фенотипически с помощью «ВАСТЕС MGIT 960 System». Для определения резистентности к противотуберкулёзным средствам первого и второго ряда пользовались тестами для линейной гибридизации «Geno Type MTBDR plus v.1.0» и «Geno Type MTBDR si v.1.0». Штаммы M. tuberculosis секвенировали с помощью «MiSeq». Для электронной резистограммы применяли программное обеспечение «Муkrоbе v.0.8.1». В результате все три метода — фенотипический анализ, генетический анализ и электронная резистограмма с помощью программного обеспечения «Муkrоbе» — дали сопоставимые результаты чувствительности/резистентности исследуемых штаммов. Все фенотипически доказанные штаммы, резистентные к рифампицину и изониазиду, были подтверждены на 100% с помощью программного обеспечения «Муkrоbе». Мутация С-15Т является маркером для резистентности к изониазиду у исследуемых нами штаммов со сполиготипом SIT41. Мы наблюдали 75% (21/28) совпадения результатов по «ВАСТЕС» и «Муkrоbе» в отношении резистентности к этамбутолу. Фенотипически 87% (n = 27) штаммов были устойчивы к стрептомицину, и лишь 59% (n = 19) доказаны программным обеспечением «Муkrоbе» как таковые. Сравнивая фенотипическую и генотипическую резистентность к офлоксацину, амикацину и канамицину, мы наблюдали совпадение результатов на 100%. Выводы. Секвенирование целого генома относительно дорого и трудоёмко, но представляет собой ценный инструмент эпидемиологического генотипирования и определения восприимчивости к лекарственным средствам.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2021
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2021.-N 6.-С.697-705. Библ. 35 назв.
Просмотров: 16