ПРЕДСКАЗАНИЕ EVT6-NТRK3-ЗАВИСИМОГО ПАПИЛЛЯРНОГО РАКА ЩИТОВИДНОЙ ЖЕЛЕЗЫ НА ОСНОВЕ МАЛОГО ТРАНСКРИПТОМНОГО ПРОФИЛЯ

Аннотация:

Солидные опухоли, возникающие в результате онкогенной стимуляции химерными белками рецепторов нейротрофинов (TRK), представляют группу редких опухолей различной локализации, отвечающих на терапию таргетными препаратами — энтректинибом и ларотректинибом. Стандартом выявления химерных генов TRK считается высокопроизводительное секвенирование с определением структуры химерного транскрипта. Мы предположили, что химерный тирозинкиназный белок может определять специфический транскриптомный профиль опухолевых клеток. Выявляли дифференциально-экспрессирующиеся гены, на основе которых можно отличить TRK-зависимый папиллярный рак щитовидной железы (РЩЖ) от других молекулярных вариантов этого типа опухоли. С помощью ОТ-ПЦР нами выявлено 7 образцов папиллярного РЩЖ, несущих перестройку генов EVT6NTRK3 (7 из 215 образцов, 3.26%). Используя машинное обучение, на данных, извлечённых из TCGA, построили функцию предсказания наличия перестройки в генах NTRK на основе экспрессии генов A UTS2, DTNA, ERBB4, HDAC1, IGF1, KDR, NTRK1, PASK, PPP2R5B, PRSS1. С её использованием проанализировали данные экспрессии перечисленных генов в 7 TRK-зависимых и 10 TRK-независимых образцах РЩЖ, полученных с помощью ОТ-ПЦР. На тестовой выборке образцов из TCGA чувствительность составила 72.7%, специфичность — 99.6%; на независимой выборке образцов, проверенных с помощью ОТ-ПЦР, — чувствительность 100%, специфичность 70%. Предложен профиль мРНК 10 генов, который может классифицировать РЩЖ в отношении наличия драйверных NTRK-химерных генов TRK с приемлемой чувствительностью и специфичностью.

Авторы:

Издание: Бюллетень экспериментальной биологии и медицины
Год издания: 2022
Объем: 6с.
Дополнительная информация: 2022.-N 2.-С.231-236. Библ. 14 назв.
Просмотров: 15