Однонуклеотидные полиморфизмы в гене U86 Human betaherpesvirus

Аннотация:

В отечественной научной литературе имеются единичные публикации, посвященные видовой идентификации и типированию вируса герпеса человека 6 типа (ВГЧ-6). Между тем определение генетического полиморфизма ВГЧ-6А и ВГЧ-6В позволит изучить географическое распределение и особенности циркуляции в человеческих популяциях различных генотипов вируса. Цель исследования. Анализ однонуклеотидных полиморфизмов в гене U86 для характеристики российской популяции ВГЧ-6В. Материал и методы. Проведено секвенирование по Сэнгеру 49 образцов ДНК ВГЧ-6, полученных из крови детей с проявлениями острой ВГЧ-6-инфекции в Санкт-Петербурге. Нуклеотидные последовательности секвенированного фрагмента (317 п.н.) гена U86 клинических изолятов выравнивали на референсный геном Human betaherpesvirus 6В NC-000898 (штамм Z29). Результаты и обсуждение. Большинство изолятов ВГЧ-6В (63%) по данному участку гена были идентичны референс-штамму; у 18 изолятов выявлено четыре варианта однонуклеотидных замен, включая три несинонимических. Из 18 изолятов 11(6%) отличались от референса по двум SNP, шесть (3%) — по всем четырем SNP, один (0,5%) имел 3 однонуклеотидные замены. Все четыре профиля однонуклеотидных замен (сиквенс-типы) фрагмента гена U86 российских изолятов имели аналоги у изолятов ВГЧ-6В различного географического происхождения, представленных в GenBank NCBI. Заключение. Секвенирование фрагмента (31 7 п.н.) гена U86 подтвердило видовую принадлежность 49 исследованных нами изолятов ВГЧ-6В, позволило оценить распространенность и филогенетическое родство сиквенс-типов в российской и зарубежных популяциях вируса.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2022
Объем: 4с.
Дополнительная информация: 2022.-N 3.-С.22-25. Библ. 8 назв.
Просмотров: 12