РАСЧЕТЫ СВОБОДНОЙ ЭНЕРГИИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ ШИРОКОСПЕЦИФИЧНОЙ ПИРИМИДИННУКЛЕОЗИДФОСФОРИЛАЗЫ С ПОТЕНЦИАЛЬНЫМИ ИНГИБИТОРАМИ

Аннотация:

Цель работы — поиск специфичного ингибитора пиримидиннуклеозидфосфорилазы. Использовали методы молекулярного моделирования комплексов белок—лиганд, такие как молекулярный докинг и молекулярная динамика, позволяющие найти энергию связывания белка с лигандом (дельтаGbind). В качестве возможных ингибиторов взяты следующие соединения: 2',3'-дидегидро-3'-дезокситимидин (d4T), 1-(2-дезокси-2-фтор-B-D-арабинофуранозил)-5-иодурацил (фиауридин, FIAU), 1-(2-дезокси-2-фтор-B-D-арабинофуранозил)-5-урацил (FAU) и 2-пиримидин-2-ил-1H-имидазол-4-карбоновая кислота (PIA). Предварительную оценку энергии связывания проводили методом линейной интерполяции свободной энергии (LIE), уточнение расчетов — методом возмущения свободной энергии (FEP) в пакете программ GROMACS. Полученные в ходе расчетов данные указывают на то, что соединения PIA и d4T связываются с активным центром белка BsPyNP из Bacillus subtilis с наибольшей аффинностью среди других предполагаемых ингибиторов. PIА к тому же хуже связывается с тимидинфосфорилазой человека, что минимизирует возможные побочные эффекты применения этого соединения в терапевтических целях.

Авторы:

Издание: Биоорганическая химия
Год издания: 2022
Объем: 13с.
Дополнительная информация: 2022.-N 6.-С.732-744. Библ. 34 назв.
Просмотров: 11