Оптимизация мультилокусного сиквенс-анализа для лабораторной идентификации возбудителей иксодового клещевого боррелиоза

Аннотация:

Наиболее широко распространённые этиологические агенты иксодового клещевого боррелиоза (ИКБ) в России — Borrelia garinii, В. afzelii, В. bavariensis. Для определения видовой принадлежности боррелий в современных исследованиях используют методы мультилокусного сиквенс-типирования и сиквенс-анализа (МЛСА). Ранее были продемонстрированы результаты применения схемы МЛСА для идентификации возбудителей эритемных форм ИКБ. Цель работы — изучить возможность оптимизации МЛСА для практической лабораторной идентификации возбудителей ИКБ. Задачи: сравнительный анализ нуклеотидных последовательностей локусов 6 консервативных генов (rrs, hbb, fla, groEL, recA, ospA) и межгенного спейсера rrfA-rrlB, рекомендованных протоколом МЛСА; выявление минимальной совокупности генов, сцепленные сиквенсы которых позволяют идентифицировать видовую принадлежность изолята боррелий. Сиквенсы вышепредставленных локусов 23 «контрольных» изолятов, полученных от больных ИКБ и предварительно типированных методом МЛСА как В. bavariensis, использованы для сравнительного анализа с последовательностями аналогичных генов других видов боррелий, имеющимися в международных базах данных. На основе этого материала методом UPGMA построена и проанализирована серия дендрограмм. В результате сиквенсы локусов гена ospA контрольного вида показали наибольшее отличие (не менее 8,5%) от последовательностей этого гена у других сравниваемых видов боррелий; близкие показатели видовых отличий (не менее 6,7%) продемонстрировало сравнение сиквенсов гена rесА. Сиквенсы выявленных вариантов двух этих генов у В. bavariensis отличались от последовательностей аналогичных генов у наиболее близкого вида — В. garinii. Дендрограмма сцепленных нуклеотидных последовательностей генов rесА и ospA продемонстрировала её идентичность результатам идентификации изолятов по полному протоколу МЛСА. Заключение. Предложен оптимизированный подход к МЛСА боррелий группы В. burgdorferi sensu lato, который сводится к выявлению их видовой принадлежности на основании специфики результата сцепленного анализа локусов только двух генов (rесА и ospA) из 7 локусов, рекомендованных протоколом этого метода.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2022
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2022.-N 5.-С.514-524. Библ. 24 назв.
Просмотров: 14