ДИФФЕРЕНЦИАЛЬНАЯ ЭКСПРЕССИЯ СВЯЗАННЫХ С АУТОФАГИЕЙ ДЛИННЫХ НЕКОДИРУЮЩИХ РНК ПРИ МЕЛАНОМЕ

Аннотация:

Изучена роль длинных некодирующих РНК (днкРНК), связанных с аутофагией, в патогенезе меланомы. Для этого мы разработали прогностическую модель для пациентов с меланомой, основанную на анализе экспрессии генов, связанных с аутофагией. Поиск таких генов и оценку их связи с инфильтрацией иммунных клеток у пациентов с меланомой проводили по данным из The Cancer Genome Atlas (TCGA) и базы GeneCards. Использовали одновыборочный анализ обогащения по функциональной принадлежности (ssGSEA), анализ взвешенных сетей коэкспрессии генов (WGCNA), программу регрессии uniCOX и функциональный анализ обогащения. Роли выявленных днкРНК оценивали по шкале отношения рисков по результатам однофакторной регрессии экспрессии каждой днкРНК и по прогнозу пациентов по базам данных. Всю выборку разделяли по медиане выживаемости на равные группы с высоким и низким риском. Анализ выживаемости показал, что пациенты с низким риском отличались более благоприятным прогнозом. Функциональный анализ обогащения выявил множественные ключевые пути с функционально обогащёнными днкРНК-ассоциированными генами. Анализ инфильтрации иммунных клеток в опухоль выявил 7 типов клеток с дифференциальной экспрессией маркеров в группах с высокой и низкой аутофагией. Прогностические возможности разработанной модели проверяли на трёх когортах. Выявлены функционально важные днкРНК у пациентов с меланомой. 6 из них достоверно связаны с выживаемостью пациентов, что составляет основу для прогноза их выживаемости.

Авторы:

Издание: Бюллетень экспериментальной биологии и медицины
Год издания: 2022
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2022.-N 10.-С.493-500. Библ. 15 назв.
Просмотров: 14