СРАВНЕНИЕ МЕТОДОВ ВЫДЕЛЕНИЯ микроРНК ИЗ ЭКСТРАКЛЕТОЧНЫХ ВЕЗИКУЛ, ПРИСУТСТВУЮЩИХ В АСЦИТИЧЕСКОЙ ЖИДКОСТИ

Аннотация:

Секретируемые экстраклеточные везикулы (ЭКВ) содержат активные биомолекулы, включая микроРНК, состав которых отражает эпигенетические изменения, возникающие в клетках при патологических процессах, в частности, злокачественной трансформации. Накопленный пул данных о роли ЭКВ в канцерогенезе обусловил поиск диагностических маркеров в составе ЭКВ. Важнейшим фактором, ограничивающим развитие данного направления, является отсутствие «золотых стандартов» как для методик выделения ЭКВ из биологических жидкостей, так и для анализа их молекулярного содержимого, включая состав микроРНК. В работе впервые проведено сравнение эффективности различных методов выделения малых РНК из ЭКВ, содержащихся в асцитической жидкости, для последующего анализа микроРНК. Сравнение различных коммерческих наборов показало преимущества методов, включающих фенол-хлороформную экстракцию: Total Exosome RNA & Protein Isolation Kit (TERPIK) и miRNeasy Serum/Plasma Kit (miRNeasy). Анализ транскриптома малых РНК в ЭКВ показал присутствие различных классов молекул, среди которых доля микроРНК в среднем составляла 6%, достигая 10% при использовании набора TERPIK. Набор PureLink miRNA Isolation Kit характеризовался наименьшей эффективностью. Набор miRNeasy Serum/Plasma Advanced Kit (miRNeasy-A) показал максимальную концентрацию фракции малых РНК, доля микроРНК в которой, однако, не превышала таковую в случае использования наборов miRNeasy и TERPIK. Более того, данные ОТ-ПЦР анализа индивидуальных микроРНК показали более низкое содержание каждой из четырёх микроРНК - miR-1246, miR-200b-5p, miR-200c-3p и miR-23a-3p — при использовании набора miRNeasy A. По совокупности исследуемых характеристик, включая концентрацию малых РНК, процент содержания микроРНК по данным биоанализатора (БА) и результатам секвенирования и уровень индивидуальных РНК, детектируемых методом ОТ-ПЦР, оптимальными можно считать наборы TERPIK и miRNeasy.

Авторы:

Издание: Биохимия
Год издания: 2022
Объем: 16с.
Дополнительная информация: 2022.-N 11.-С.1667-1682. Библ. 43 назв.
Просмотров: 12