Уровень копийности генетических локусов и малоинвазивная оценка эффективности лучевой терапии у больных раком прямой кишки

Аннотация:

Предоперационная лучевая терапия злокачественных опухолей прямой кишки не всегда эффективна, что связано с формированием радиорезистентности опухолевых клеток. Последняя может быть опосредована аберрантной копийностью генетических локусов. Цель исследования - поиск молекулярно-генетических маркеров для малоинвазивной оценки эффективности лучевой терапии злокачественных опухолей прямой кишки. Исследование проводили в 4 этапа: 1) биоинформационный анализ базы данных TCGA (The Cancer Genome Atlas) с использованием алгоритма GISTIC; 2) валидация данных биоинформационного анализа в модельном эксперименте на клеточной культуре; 3) исследование особенностей копийности генов, валидированных в модельном эксперименте, у пациентов с разным ответом на лучевую терапию; 4) определение показателя копийности генов во внеклеточной ДНК у пациентов с разным ответом на лучевую терапию. В исследовании добровольно участвовали 100 пациентов с аденокарциномой (G1-2) прямой кишки, а также 30 условно здоровых индивидуумов. Радиотерапию осуществляли по стандартному протоколу (разовая очаговая доза 2,4 Гр, суммарная очаговая доза 54 Гр) на линейном ускорителе Novalis ТХ. Показатель относительной копийности генетических локусов оценивали методом количественной полимеразной цепной реакции в режиме реального времени. В результате биоинформационный анализ выявил 32 локуса-кандидата. Валидация этих маркеров на клетках НТ-29, подвергнутых облучению, показала, что уровень копийности CASP9, BRCA2, Н2АХ и RBBP8 был повышен, а копийности BCL2 снижен относительно клеток, не подвергнутых облучению. У 74 пациентов с частичным ответом на лучевую терапию было обнаружено повышение копийности BRCA2, Н2АХ, RBBP8 и BCL2, что положительно коррелировало с показателем копийности этих генов во внеклеточной ДНК плазмы крови. Заключение. Применение комплексного подхода, основанного на биоинформационном анализе базы данных TCGA, моделировании лучевой терапии на культуре клеток и валидации выявленных маркеров на образцах тканей и крови больных аденокарциномой прямой кишки, позволило выявить ассоциацию количества копий генов RBBP8, BRCA2, Н2АХ и BCL2 с эффективностью предоперационной лучевой терапии.

Авторы:

Издание: Российский биотерапевтический журнал
Год издания: 2022
Объем: 9с.
Дополнительная информация: 2022.-N 4.-С.41-49. Библ. 22 назв.
Просмотров: 14