АКТУАЛЬНОСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ ПАКЕТА ПРОГРАММНОЙ СРЕДЫ R-MALDIQUANT ДЛЯ ПРЕОБРАЗОВАНИЯ НЕОБРАБОТАННЫХ МАСС-СПЕКТРОВ ДИРОФИЛЯРИЙ

Аннотация:

Диагностика тканевых гельминтозов человека остается сложной проблемой практической медицины. Поэтому поиск альтернативных прямых методов их верификации является важным направлением лабораторной диагностики. Протеомные методы исследования являются одним из наиболее современных направлении лабораторной практики. Актуализация базы эталонных белковых профилей паразитарных, патогенов представляет собой один из основных приоритетов работы масс-спектрометрии. Для преобразования цифровых данных спектров белковых экстрактов использвали пакет программной среды R-MALDIquant для дифференциации дирофилярий (Dirofilaria immitis, Dirofilaria repens). Для исследования взяли двух самок D. repens, удаленных из подкожно-жировой клетчатки двух пациентов (по одной из каждого больного), двух самок D. immitis, полученные из сердца после аутопсии двух павших собак. В исследовании брались только головные концы (где сосредоточены стихоциты), без органов репродукции (где находятся основные экскреторносекреторные антигены паразита). Профили масс-спектров белков гомогенатов получали с использованием стандартною набора Sepsityper Kit 50 и СОПа «Экстракция муравьиной кислотой» для Microflex LT MALDITOF MS (Bruker Daltonics) с программным обеспечением FlexControl (Bruker Daltonics). Визуализацию проводили с помощью программного обеспечения Flex analysis 3.3 (Bruker Daltonics). Предварительную обработку масс-спектров проводили с помощью программной среды R в пакете MALDIquant. Показатель совпадения в отделах дендрограмм для особей D. immitis составил 96-99 %, а для D. repens - 73-100 % что, вероятно, связано с фенотипическими различиями гельминтоз, выделенных от разных больных. Полученные нами результаты обработки двух видов дирофилярий с использованием программной среды R-MALDIquant, являются первым шагом в создании библиотеки эталонных белковых профилей нематод рода Dirofilaria.

Авторы:

Издание: Медицинская паразитология и паразитарные болезни
Год издания: 2022
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2022.-N 4.-С.16-22. Библ. 22 назв.
Просмотров: 14