НАБОР ПРАЙМЕРОВ ДЛЯ ДЕТЕКЦИИ ЭНТЕРОКОККОВЫХ БАКТЕРИОФАГОВ

Аннотация:

Разработка и применение терапевтических препаратов на основе вирусов бактерий, или бактериофагов, является перспективным направлением борьбы с бактериальными инфекциями. Состав фаговых препаратов должен постоянно обновляться, что требует поиска новых вирусов посредством скрининга биологического материала и образцов из окружающей среды. Цель. Разработка метода поиска и идентификации вирулентных энтерококковых бактериофагов, основанного на полимеразной цепной реакции (ПЦР). Известное разнообразие вирусов энтерококков было изучено по базам данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI) и Международного комитета по таксономии вирусов (ICTV). Подбор праймеров осуществляли при помощи программ NCBI PrimerBlast и Primer3. Тестирование праймеров проводилось на семи коммерческих фаговых коктейлях и 46 образцах биоматериала. Специфичность ПЦР была подтверждена определением нуклеотидных последовательностей ПЦР-продуктов. В результате описанные в литературе облигатно вирулентные энтерококковые бактериофаги относятся к пяти утвержденным ICTV родам: Copernicusvirus, Efquatrovirus, Kochikohdavirus, Saphexavirus и Schiekvirus. Представители шестого рода, Phifelvirus, обладают умеренным жизненным циклом. Разработанная нами схема ПЦР предназначена для специфичной амплификации фрагментов гена основного белка капсида упомянутых родов бактериофагов. В коммерческих фаговых коктейлях с ее помощью были выявлены представители всех пяти родов вирулентных энтерококковых бактериофагов. В образцах биологического материала были выявлены вирусы — представители родов Efquatrovirus, Kochikohdavirus, Saphexavirus и Schiekvirus. Заключение. Представленная в настоящей работе схема ПЦР позволяет выявлять в фаголизатах и образцах биологического материала все описанные к настоящему времени облигатно вирулентные бактериофаги, инфицирующие Enterococcus spp., а также может быть использована для определения родовой принадлежности вирусов.

Авторы:

Издание: Российский журнал персонализированной медицины
Год издания: 2022
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2022.-N 6.-С.91-97. Библ. 19 назв.
Просмотров: 19