Изменения в номенклатуре патогенных для человека микромицетов

Аннотация:

В начале 2023 г. в журнале Open Forum Infectious Diseases вышла публикация, которая в очередной раз затронула вопрос, в силу ряда причин остававшийся без должного внимания, касающийся изменений в номенклатуре и классификации патогенных для человека грибов. Действительно, номенклатура грибковых патогенов претерпевает значительные изменения уже в течение более десяти лет. Во многом это связано с широким, если не повсеместным, применением в настоящее время молекулярных технологий не только в диагностике микозов, но и при решении задач эпидемиологии и таксономии микромицетов. Молекулярные исследования улучшили подходы к идентификации грибов, что позволило более точно установить межвидовые и внутривидовые филогенетические отношения и исправить имеющиеся таксономические ошибки, возникшие как результат фенотипической классификации и применения устаревших методов идентификации. Молекулярный анализ, по сути, пролил свет на вопрос - действительно ли таксономические группы, которые ранее были классифицированы и названы на основе общих морфологических или фенотипических признаков, имеют одного общего предка (монофилетические рода), или же виды имеют смешанное происхождение, когда не все виды в пределах рода являются родственными (полифилетические рода). Безусловно, в случае полифилетических родов оправдан перевод тех видов, которые не имеют общего предка, в более подходящий в филогенетическом плане род. Изменения в названиях видов грибов, происходившие быстрыми темпами в течение последнего десятилетия, привели к активным дебатам о преимуществах и потенциальных проблемах, вызванных такими изменения в практике как микробиолога, так и клинициста. Авторы статьи указывают на важность того факта, что все изменения номенклатуры грибов должны строго следовать Международному кодексу номенклатуры водорослей, грибов и растений, и какое-либо желание сохранить определенные названия или их части отменяется существованием номенклатурного приоритета предшествующих валидных/общепринятых наименований видов. Кроме того, авторы говорят, что опасения в отношении того, что литература и молекулярные базы данных будут содержать большое число отчетов о «Первом случае инфекции, вызванной...», необоснованны. Все базы данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI), в том числе PubMed и GenBank, опираются на стандартизированную базу данных таксономии, гарантирующую, что любой поисковый запрос на основе организма будет извлекать весь соответствующий материал, независимо от того, является ли название текущим или устаревшим. Это позволяет получить всю информацию, необходимую как для микробиологических или эпидемиологических исследований, так и для ведения пациентов. Общедоступные ресурсы, включая Index Fungorum (www.indexfungorum.org) и MycoBank (www.mycobank.org), служащие репозиториями номенклатурной информации, в том числе о том, являются ли наименования микроорганизмов текущими или устаревшими, могут помочь в ситуации, когда специалист не уверен в статусе наименования вида гриба. Обновления номенклатуры в отдельных базах данных, в частности для масс-спектрометрии, будут иметь решающее значение для успешной адаптации новых видовых/ родовых наименований микробиологическими лабораториями.

Авторы:

Издание: Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия
Год издания: 2022
Объем: 3с.
Дополнительная информация: 2022.-N 4.-С.292-294. Библ. 9 назв.
Просмотров: 14