Новые генетические варианты возбудителя холеры и их распространение в эндемичных странах и России

Аннотация:

На протяжении трех волн 7-й пандемии холеры геном возбудителя претерпел значительные изменения, вследствие которых в последнее десятилетие возникли его новые генетические варианты с высоким патогенным и эпидемическим потенциалом. Цель исследования. Изучение геномного разнообразия возбудителя холеры и распространенности новых генетических вариантов в эндемичных по холере регионах и в России, выявление их филогенетических связей. Материал и методы. Для поиска новых вариантов возбудителя проведен биоинформационный анализ нуклеотидных последовательностей полных геномов 124 штаммов V. cholerae Эль Тор, полученных нами ранее и взятых из базы данных NCBI Gen Bank и European Nucleotide Archive. Филогенетические связи 115 различных штаммов, выделенных в Азии, Африке, России и Украине во время трех волн пандемии, установлены на основе SNP-анализа. Результаты и обсуждение. Анализ геномов штаммов (91 штамм), изолированных с 2007 по 2019 г. в семи эндемичных странах, показал, что по набору мутантных генов вирулентности и эпидемичности, локализованных в мобильных генетических элементах (профаг СТХф, остров патогенности VPI-1 и остров пандемичности VSP-II) и коровой части, 74,7% из них являются новыми генетическими вариантами возбудителя. При анализе геномов токсигенных штаммов из России и Украины (1970—2014 гг.) выявлено пять групп, различающихся между собой мутациями в ключевых генах, связанных с вирулентностью, эпидемическим потенциалом и лекарственной устойчивостью. Среди штаммов, завезенных из эндемичных регионов в последние годы (2010—2014 гг.), 80,0% по спектру мутантных генов отнесены к новым вариантам. Заключение. Анализ филогенетических связей, проведенный на основе SNP-типирования 115 штаммов, показал филогенетическое сходство новых вариантов из России и Украины с таковыми, циркулирующими в последнее десятилетие в Африке и Азии. Полученные результаты позволили выявить молекулярные механизмы и динамику изменения важнейших генетических свойств этого патогена, а также могут быть использованы для разработки способов генодиагностики новых вариантов возбудителя.

Авторы:

Издание: Молекулярная генетика ,микробиология и вирусология
Год издания: 2023
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2023.-N 1.-С.10-17. Библ. 30 назв.
Просмотров: 17