Разработка метода молекулярного субтипирования Bacillus anthracis с использованием HRM-ПЦР

Аннотация:

Bacillus anthracis — возбудитель сибирской язвы, патоген, характеризующийся высокой генетической мономорфностью, затрудняющей дифференциацию штаммов, в связи с чем актуальна разработка эффективных методов молекулярного типирования. Цель исследования. Выбор маркерных однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) для типирования генетических групп В. anthracis и разработка метода их лабораторного определения с использованием HRM-ПЦР. Материалы и методы. Выравнивание корового генома 222 штаммов В. anthracis из базы данных GenBank и 66 штаммов из коллекции патогенных микроорганизмов ФКУЗ «Ставропольский противочумный институт» Роспотребнадзора проводили с использованием программы «Parsnp». Дендрограмму на основе 7242 SNP корового генома построили в программе «MEGAX». Штаммы для валидации метода HRM включали представителей различных генетических групп. Реакцию HRM-ПЦР проводили с использованием наборов «Туре-it HRM PCR Kit» и «КАРА HRM FAST qPCR Kit» на амплификаторе ДНК «Rotor Gene» с функцией HRM. Анализ и визуализацию данных выполняли пользовательскими скриптами в среде разработки языка Python и языка R. Результаты и обсуждение. Определены маркерные SNP для 6 генетических групп В. anthracis, позволяющие определять принадлежность штаммов к одному из 7 новых субкластеров. Подобраны пары праймеров, оптимизированы параметры HRM-ПЦР для дискриминации разных аллелей SNP-локусов и разработана схема анализа. Заключение. Таким образом, выбраны маркерные SNP для определения генетических субкластеров В. anthracis A.Br.CEA, A.Br.STI, A.Br.Tsiankovskii, B.Br.Europe, B.Br.Siberia, B.Br.Asia, B.Br.018 и разработан новый лабораторный метод молекулярного субтипирования В. anthracis с использованием HRM-ПЦР

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2023
Объем: 10с.
Дополнительная информация: 2023.-N 2.-С.178-187. Библ. 26 назв.
Просмотров: 17