МЕТОД ВЫДЕЛЕНИЯ ДНК ИЗ РАСТЕНИЙ ДЛЯ МЕТАГЕНОМНОГО АНАЛИЗА НА ПРИМЕРЕ ВИНОГРАДА Vitis amurensis RUPR.

Аннотация:

Предложен новый метод выделения ДНК из растений, на примере дикорастущего винограда Vitis amurensis Rupr., для дальнейшей подготовки библиотек для метагеномного анализа эндофитов. Метод основан на выделении ДНК недорогостоящим ЦТАБ-методом с дополнительной стадией очистки ДНК с использованием кремнеземных спин-колонок (ЦТАБ-спин метод). Проведен сравнительный анализ результатов метагеномного анализа эндофитов на ДНК, выделенной предложенным ЦТАБ-спин методом и с использованием коммерческого набора ZymoBIOMICS DNA Miniprep (Zymo Research, США). Установлено, что при использовании ЦТАБ-спин метода количество последовательностей участка 16SрРНК и многообразие родов бактерий было в 2.8 и 1.2 раза больше соответственно, чем при использовании набора ZymoBIOMICS. В то же время, количество последовательностей участка межгенного спейсера ITS1 и биоразнообразие эндофитных грибов значительно не отличались при экстракции ДНК двумя способами. Таким образом, предложенный метод выделения ДНК для метагеномного анализа является доступной и эффективной альтернативой коммерческим наборам по выделению ДНК растений для методов секвенирования нового поколения. Ключевые слова: виноград, ДНК, метагеном, секвенирование нового поколения, бактерии, грибы, эндофиты, Vitis amurensis, NGS

Авторы:

Издание: Прикладная биохимия и микробиология
Год издания: 2023
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2023.-N 3.-С.281-288. Библ. 30 назв.
Просмотров: 13