Анализ in silico геномов штаммов Bacillus anthracis главных генетических линий

Аннотация:

Филогенетическая структура глобальной популяции Bacillus anthracis представлена главными генетическими линиями А, В и С с неравной распространённостью изолятов, причина которой неизвестна. Определение особенностей геномов штаммов трех линий, которые могут влиять на распространённость, является актуальным. Цель — характеристика особенностей геномов разных генетических линий, потенциально влияющих на их распространённость, с использованием анализа in silico представительной выборки штаммов В. anthracis Материалы и методы. Изучены полногеномные последовательности 49 штаммов В. anthracis и штамма CI В. cereus biovar anthracis. Анализ in silico проводили с идентификацией полиморфизмов в программах «BLASTn», «MEGAX», «Tandem Repeat Finder», «Parsnp» из пакета «Harvest Suite». Результаты. Вариабельность геномов определялась однонуклеотидными полиморфизмами, однонуклеотидными повторами, числом тандемных повторов, заменами и инделами. Их количество у штаммов линий В и С было в 1,6-13,4 раза больше, а у штамма В. cereus biovar anthracis — в 5-150 раз больше, чем у штаммов В. anthracis линии А. Значимые замены в генах домашнего хозяйства и факторов патогенности приводили к изменению аминокислотной последовательности белков также значительно чаще у штаммов В. anthracis главных линий В, С. Молекулярное типирование на основе анализа однонуклеотидных полиморфизмов генов факторов патогенности (MVLST) с индексом дискриминации 0,9633 разделяло штаммы на три главные генетические линии с группами, отличающимися от канонических. Заключение. Главное отличие геномов В. anthracis состоит в большом количестве значимых нуклеотидных замен в генах факторов патогенности и «домашнего хозяйства» штаммов главных линий В и С по сравнению с линией А. Изменения в кодируемых ими белках могут определять разную экологическую адаптацию и распространённость, более высокие у линии A. MVLST с высокой дискриминирующей способностью может быть дополнительным методом молекулярного типирования В. anthracis.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2023
Объем: 11с.
Дополнительная информация: 2023.-N 3.-С.155-165. Библ. 39 назв.
Просмотров: 23