ОСОБЕННОСТИ ИММУНОЛОГИЧЕСКИ АКТИВНОГО И «ХОЛОДНОГО» ФЕНОТИПОВ ИНВАЗИВНОЙ КАРЦИНОМЫ ШЕЙКИ МАТКИ РАННИХ СТАДИЙ ПОДАННЫМ СЕКВЕНИРОВАНИЯ ТРАНСКРИПТОМА

Аннотация:

Вопросы молекулярной классификации, иммунной гетерогенности и существования различных иммунофенотипов вирус-ассоциированного рака шейки матки (РШМ), в особенности его наиболее ранних клинических и доклинических форм — цервикальных интраэпителиальных неоплазий (ЦИН), — остаются недостаточно исследованными. Цель данной работы заключалась в анализе транскриптомных профилей инвазивного РШМ на начальных этапах его прогрессии, различающихся иммунологическими характеристиками, спектром сигнальных путей и составом микроокружения. Транскриптомный анализ проводился с использованием РНК-секвенирования на платформе Illumina. Панель образцов нативной ткани, полученных в ходе хирургической операции, включала: ВПЧ-положительные ЦИН 1-3-й степени, инвазивный РШМ IA1-IIB стадий и морфологически нормальный эпителий. Транскриптомные профили далее были проанализированы с помощью биоинформатических инструментов, включая поиск дифференциально экспрессированных генов (DESeq2), анализ сигнальных путей (Gene Set Enrichment, GAGE), извлечение клеточного состава (xCell), позиционный анализ дифференциально экспрессированных геномных регионов (PREDA). На первоначальном этапе иерархический кластерный анализ выявил гетерогенность транскриптома образцов РШМ ранних стадий, а именно их распределение по двум кластерам; метод K-means подтвердил наличие трех функционально различных паттернов генов с координированно изменяющейся экспрессией. Сравнительный анализ обогащения сигнальных путей в двух опухолевых кластерах инвазивного РШМ (‘А’ и ‘В’) относительно группы ‘С’, представленной преимущественно ЦИН, показал, что опухолевая прогрессия в кластерах ‘А’ и ‘В’ может основываться на различных иммунных механизмах. xCell анализ подтвердил различия в изменении численности популяций иммунных и стромальных клеток, а также суммарных показателей влияния микроокружения, при сравнении кластеров РШМ и ЦИН. По результатам PREDA установлено, что транскриптомные различия ассоциированы с различными хромосомными регионами и ко-локализованы с определенными семействами генов, вовлеченных в регуляцию иммунного ответа. Таким образом, на транскриптомном уровне выявлено существование различных иммунофенотипов РШМ ранних стадий, что может иметь значение для развития методов таргетной и иммунной противоопухолевой терапии.

Авторы:

Издание: Медицинская иммунология
Год издания: 2023
Объем: 10с.
Дополнительная информация: 2023.-N 5.-С.1141-1150. Библ. 16 назв.
Просмотров: 12