МЕТОДЫ АНАЛИЗА ИНТЕРАКТОМА МИКРОБЕЛКОВ, КОДИРУЕМЫХ КОРОТКИМИ ОТКРЫТЫМИ РАМКАМИ СЧИТЫВАНИЯ

Аннотация:

Исследования последних лет показали, что короткие открытые рамки считывания (кОРС, <100 кодонов) могут кодировать пептиды или микробелки, которые выполняют важные функции в прокариотических и эукариотических клетках. Установлено, что продукты трансляции кОРС вовлечены в регуляцию множества процессов, например, они модулируют активность митохондриальной дыхательной цепи или активность мышечных клеток у млекопитающих. Однако идентификация и последующий функциональный анализ пептидов или микробелков, кодируемых кОРС, — нетривиальная задача, требующая использования специальных подходов. Один из критически важных этапов функционального анализа — нахождение белков-партнеров изучаемого пептида. В данном обзоре рассмотрены особенности анализа интерактома коротких белковых молекул и описаны используемые в настоящее время подходы для такого рода исследований. Короткая открытая рамка считывания (кОРС) — это нуклеотидная последовательность между по тенциальными старт- и стоп-кодонами размером 20—300 нт. Однако в некоторых источниках верхний предел размера кОРС расширен до 150 и даже 250 кодонов, в то время как у прокариот общепринятый верхний лимит — 50 кодонов. Поскольку миллионы коротких рамок считывания могут быть обнаружены в любом геноме, то для уменьшения ошибок при идентификации и классификации мРНК существующие алгоритмы предсказания генов обычно не учитывают кОРС при аннотации геномов. Более того, считается, что большинство коротких открытых рамок считывания в геноме не транслируются и не функциональны. Однако показано, что кОРС могут быть источником функциональных пептидов, регулирующих множество ключевых процессов в клетке, следовательно, поиск и описание таких пептидов — важнейшие задачи современной биологии.

Авторы:

Издание: Биоорганическая химия
Год издания: 2023
Объем: 15с.
Дополнительная информация: 2023.-N 4.-С.333-347. Библ. 78 назв.
Просмотров: 18