Молекулярно-генетическая характеристика и филогенетический анализ возбудителей норовирусной инфекции человека отдельных муниципалитетов в Свердловской области за 2022 год

Аннотация:

Норовирусы являются высококонтагиозными возбудителями острой норовирусной инфекции (НВИ) человека. Известно, что превалирующей генетической группой в структуре заболеваемости норовирусным гастроэнтеритом по всему миру является GII. Ранее на территории Свердловской области в отдельных муниципалитетах молекулярно-генетический мониторинг вместе с филогенетическим анализом не проводился, поэтому не предоставляется возможным объективно оценить генетическое разнообразие популяции норовирусов. Цель работы — выполнить генотипирование и провести филогенетический анализ возбудителей НВИ человека на территории Екатеринбурга, Нижнего Тагила, Каменск-Уральского за 2022 г. Материалы и методы. Был организован сбор образцов фекального материала от больных детей с НВИ на территории Свердловской области. Все образцы были анализированы методом ПЦР с вырожденными праймерами, фланкирующими регион ORF1/ORF2. Нуклеотидные последовательности участка генома возбудителей НВИ определяли методом секвенирования по Сэнгеру. Был проведен филогенетический анализ консенсусных последовательностей с построением аддитивных филограмм. Результаты. Общее количество исследованных образцов составило 220. По результатам секвенирования удалось типировать 73 возбудителя НВИ. Наибольший удельный вес в генотипической структуре занимaют норовирусы, относящиеся к геногруппе GII (58%), и норовирусы, относящиеся к геногруппе GI(42%). Норовирусы, относящиеся к генотипам GII.17, GL3, являются доминирующими вирусами, выявленными на территории отдельных муниципалитетов Свердловской области. Филогенетический анализ демонстрирует, что идентифицированные последовательности на территории Свердловской области обладают наименьшей генетической дистанцией, что даёт основание для их объединения в общий кластер. Заключение. Впервые на территории Свердловской области был проведён генетический анализ возбудителей. Система генотипирования норовирусов, основанная на амплификации региона ORF1/ORF2, позволяет успешно идентифицировать различные генотипы норовирусов. Было подтверждено, что норовирусы GII остаются доминирующей генетической группой. Результаты филогенетического анализа демонстрируют наибольшую гомологию в сформированных кластерах между изолятами из Екатеринбурга, Нижнего Тагила, Каменск-Уральского.

Авторы:

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2023
Объем: 8с.
Дополнительная информация: 2023.-N 4.-С.306-313. Библ. 22 назв.
Просмотров: 17