СРАВНИТЕЛЬНЫЙ АНАЛИЗ НАБОРОВ РЕАГЕНТОВ ДЛЯ ВЫДЕЛЕНИЯ ДНК ИЗ СУХИХ ПЯТЕН КРОВИ

Аннотация:

Неонатальный скрининг — обязательная процедура обследования новорожденных, которая позволяет выявить наличие генетических заболеваний. Для массового обследования детей используют сухие пятна крови. Эта технология является наиболее доступной и удобной для транспортировки и хранения биологического материала. Выделение ДНК — один из важных этапов в молекулярной диагностике, точность которого особенно важна при генетическом анализе. Различные наборы для экстракции ДНК предлагают различные протоколы и реагенты, которые могут отличаться по эффективности и качеству выделения. Целью нашей работы было проведение сравнительного анализа наборов реагентов для экстракции ДНК из сухих пятен крови. Материалом служили образцы сухой капли крови на картах Гатри, полученные от здоровых доношенных младенцев на 3-4 день жизни в рамках программы скрининга новорожденных. Методы исследования включали спектрофотометрический анализ для определения концентрации и чистоты ДНК, оценивали также простоту протоколов, продолжительность выделения, возможность автоматизации процесса. Контроль эффективности экстракции ДНК разными наборами реагентов дополнительно осуществляли по результатам ПЦР в режиме реального времени с применением тестсистемы для оценки уровней TREC и KREC в периферической крови, так как количественный анализ требует большей внимательности к исследуемому материалу. При оценке чистоты НК, экстрагированных с использованием всех четырех анализируемых наборов, можно было наблюдать успешную депротеинизацию образцов ДНК и относительную чистоту. Средняя чистота ДНК для набора «Экстра-ДНК-Био» составила 2,2±0,23, для «ЭКСТРА-преп PS» — 1,89±0,23, для «МагноПрайм ЮНИ» при ручном и автоматическом выделении — 2,31±0,21 и 2,85±0,09 соответственно. Средняя концентрация ДНК для набора «Экстра-ДНК-Био» составила 15,28 мкг/мл, для «ЭКСТРА-преп PS» — 16,26 мкг/мл, для «МагноПрайм ЮНИ» при ручном и автоматическом выделении — 62,5 мкг/мл и 102,28 мкг/мл, соответственно. Согласно примененному критерию Краскела—Уоллиса и тесту Данна, значимые различия и по параметру TREC, и по параметру KREC присутствуют между группой образцов ДНК, экстрагированных с использованием набора реагентов «МагноПрайм ЮНИ» при ручном выделении, с группами образцов, экстрагированных другими способами («МагноПрайм ЮНИ» при автоматическом выделении) или наборами «ЭкстраДНК-Био» и «ЭКСТРА-преп PS». В ходе настоящего исследования четыре сравниваемых набора реагентов продемонстрировали высокий уровень сходимости полученных данных, удовлетворяя всем необходимым параметрам для проведения дальнейшего молекулярно-генетического анализа, могут быть использованы для неонатального скрининга и в других областях исследований, требующих экстракции ДНК из сухой капли крови.

Авторы:

Издание: Медицинская иммунология
Год издания: 2023
Объем: 10с.
Дополнительная информация: 2023.-N 6.-С.1453-1462. Библ. 18 назв.
Просмотров: 11