ПОИСК И ФУНКЦИОНАЛЬНЫЙ АНАЛИЗ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ВАРИАНТОВ В САЙТАХ СВЯЗЫВАНИЯ микроРНК С ИСПОЛЬЗОВАНИЕМ МАССОВОГО ПАРАЛЛЕЛЬНОГО РЕПОРТЕРНОГО АНАЛИЗА

Аннотация:

Проведён масштабный поиск генетических вариантов, обнаруживших различную представленность аллелей в транскриптомных данных (АЕ SNPs), в сайтах связывания микроРНК в З’-НТО, а также оценка их функциональной значимости с использованием массового параллельного репортерного анализа (MPRA). Из 629 559 ассоциированных пар "SNP—ген" (eQTLs), найденных в ткани печени человека по данным консорциума GTEx Analysis v8, были выбраны 4394 полиморфные позиции в З'-НТО генов, являющиеся eQTLs для этих же генов. Для поиска потенциальных сайтов связывания микроРНК использовали алгоритм TargetScanHuman 7.0 и ресурс PolymiRTS. Из предсказанных сайтов микроРНК, затрагиваемых eQTL-SNPs, был выбран 51 сайт с наилучшим свидетельством функциональности по экспериментальным дaнным Ago2-CLIP-seq, CLEAR-CL1P, eCLIP-seq для РНК-связывающих белков. Для анализа методом MPRA создана библиотека плазмид, содержащих для каждого АЕ SNPs основной и альтернативный аллели (102 конструкции). Трансфекция клеточной линии HepG2 полученной библиотекой плазмид и секвенирование целевых последовательностей ДНК и РНК на платформе Illumina (MiSeq) выявили асимметричную экспрессию для 6 SNPs.

Авторы:

Издание: Бюллетень экспериментальной биологии и медицины
Год издания: 2023
Объем: 5с.
Дополнительная информация: 2023.-N 11.-С.611-615. Библ. 9 назв.
Просмотров: 17