Результаты и перспективы использования общего профиля метилирования ДНК для оценки статуса промотора гена MGMT в злокачественных глиомах

Аннотация:

Метилирование промотора гена О[6]-метилгуанин-ДНК-метилтрансферазы (МСМТ) на сегодняшний день является наиболее важным прогностическим биомаркером в терапии глиобластомы IDH-дикого типа, получить информацию о котором возможно в том числе из общего профиля метилирования ДНК. Цель исследования. Провести прицельный анализ интенсивности сигнала метилирования ДНК в области гена MGMT в образцах злокачественных глиом и выявить наиболее значимые геномные позиции для вычисления статуса промотора гена MGMT для дальнейшего совершенствования диагностики и прогнозирования терапевтических возможностей у пациентов со злокачественными глиомами. В исследовании использованы данные, полученные из 43 образцов (замороженной ткани или парафиновых блоков) пациентов со злокачественными глиомами. Образцы ДНК опухолей были подготовлены с помощью набора Illumina Infinium MethylationEPIC Beadchip Kit и платформы Illumina Next-Seq 550 Sequencing System. Обработка и анализ профилей метилирования ДНК осуществлялись при помощи вычислительных алгоритмов языка R с использованием специализированных библиотек minfi, mgmtstp27 и базовых статистических функций в среде Rstudio. В результате на основе общего профиля метилирования ДНК вычислен статус промотора гена МСМТ в 43 образцах злокачественных глиом. В 24 (55%) образцах промотор гена MGMT был метилирован. Проведен сравнительный анализ сигнала метилирования в области отдельных СрС-островков в группах с метилированным и неметилированным промотором гена МСМТ, выявлены наиболее значимые позиции для дальнейшего улучшения алгоритма анализа данных. Заключение. Полученные данные демонстрируют возможности и перспективы дальнейшего совершенствования алгоритма вычисления статуса промоторной области гена МСМТ на основе общего профиля метилирования ДНК у пациентов со злокачественными глиомами с целью использования его в качестве альтернативы метилспецифической полимеразной цепной реакции. Наши результаты согласуются с результатами других исследователей в сфере нейроонкологии, демонстрирующими, что вычислительные методы, подобные MGMT-STP27, достаточно эффективны и могут применяться в научной и клинической практике для оценки прогноза и принятия решений о назначении химиотерапии алкилирующими агентами.

Авторы:

Издание: Журнал вопросы нейрохирургии им.Н.Н.Бурденко
Год издания: 2023
Объем: 7с.
Дополнительная информация: 2023.-N 6.-С.52-58. Библ. 22 назв.
Просмотров: 12