Дальневосточный государственный медицинский университет Поиск | Личный кабинет | Авторизация
Поиск статьи по названию
Поиск книги по названию
Каталог рубрик
в коллекциюДобавить в коллекцию

Анализ изменения генома геновариантов Vibrio cholerae 01 El Tor в современный период пандемии холеры


Аннотация:

Вариабельность генома генетических вариантов возбудителя холеры El Тоr обусловила появление штаммов, несущих мутации в различных генах патогенности и лекарственной устойчивости. Такая ситуация требует оценки направления этих измененений для прогнозирования патогенного потенциала ранее неизвестных вариантов и своевременной разработки новых средств диагностики и профилактики. Цель работы — анализ динамики изменения генов патогенности и лекарственной устойчивости генетических вариантов Vibrio cholerae El Тоr из эндемичных по холере стран и России. Использовали секвенированные нуклеотидные последовательности полных геномов 104 штаммов V. cholerae El Тоr, взятых из баз данных NCBI GenBank и European Nucleotide Archive, а также полногеномные сиквенсы, полученные нами. Анализ нуклеотидных последовательностей выполняли с помощью программы UGEN v.45.1. Для построения дендрограммы по алгоритму максимальной экономии применяли программный пакет «BioNumerics v. 7.6» на основе множественного выравнивания, полученного с помощью программы «Snippy 4.6.0». B pезультатe cопоставлены секвенированные геномы 103 штаммов геновариантов, выделенных на территории 9 эндемичных стран Азии и Африки, а также в России в 1991-2022 гг. Показано, что процесс изменения генома геновариантов был многоступенчатым и происходил за счет последовательного накопления точечных мутаций в ключевых (ctxB и tcpA) и дополнительных (rtxA) генах патогенности и коровых генах резистентности к антибиотикам (дугА, раrС и carR), а также делецией в мобильном элементе SXT. Наиболее важным стало изменение в гене ctxB и появление новых геновариантов с аллелем ctxB7, вытеснивших ранее сформированные штаммы. Анализ измененных участков генома 83 штаммов геновариантов из эндемичных регионов выявил 8 генотипов, тогда как штаммы (21 изолят), завезённые в Россию, относились лишь к 5 генотипам, включая высоковирулентные геноварианты с аллелем ctxB7 и утраченным биоварспецифическим свойством Pol за счёт мутации гена carR. Установленная тесная филогенетическая связь геновариантов, выявленных в России, со штаммами из эндемичных стран Азии подтверждает их завоз из этого региона. Заключение. Показано последовательное возникновение и накопление новых мутаций в генах патогенности и лекарственной устойчивости в геноме геновариантов в эндемичных регионах, что приводит к изменению их эпидемически важных свойств. Установлен завоз в Россию новых геновариантов с высокой вирулентностью, что указывает на необходимость постоянной оценки изменений генома этого патогена для своевременной разработки адекватных средств генодиагностики и профилактики.

Авторы:

Смирнова Н.И.
Рыбальченко Д.А.
Лозовский Ю.В.
Краснов Я.М.
Кутырев В.В.

Издание: Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии
Год издания: 2023
Объем: 12с.
Дополнительная информация: 2023.-N 5.-С.346-357. Библ. 25 назв.
Просмотров: 18

Рубрики
Ключевые слова
carr
cholerae
gene
pol
vibrio
адекватность
алгоритм
аллели
анализ
антибиотик
базы
биовары
вариабельность
вариантные
вирулентность
возбудители
возникновения
выделение
выравнивание
высокий
высоковирулентные
выявленный
гена
генетическ
генов
геноварианты
генодиагностика
геном
генотип
данные
девиво
делеция
диагностика
динамика
дополнительные
дуга
изменение
изменения
измененное
изменчивость
изоляты
ключ
корова
лекарственна
лекарственная
максимальная
множественная
мобильность
мутации
накопление
накопления
направлениях
неизвестной
необходимости
несущий
новые
нуклеотидный
основа
оценка
пакет
пандемия
патоген
патогенность
патогенные
период
пола
полная
полногеномная
помощи
послед
последовательностей
постоянная
построения
потенциал
прогнозирование
программ
программного
профилактика
процесс
работа
различный
разработка
регион
резистентность
россии
своевременная
свойства
связей
ситуации
слова
современная
средств
стран
счет
территории
точечный
указ
устойчивости
устойчивость
участковый
филогенез
филогенетический
холера
цель
штамм
штаммы
эко
элементы
эндемические
эпидемический
Ваш уровень доступа: Посетитель (IP-адрес: 3.139.98.10)
Яндекс.Метрика